ソフトウェア | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.81→42.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Data cutoff high absF: 125210.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.277 | 81 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.233 | - | - | - |
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all | - | 1609 | - | - |
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obs | - | 1609 | 99.4 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 122.39 Å2 / ksol: 0.582076 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.8 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -1.19 Å2 | 10.35 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -1.19 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 2.39 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.43 Å | 0.34 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.53 Å | 0.36 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.81→42.26 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 498 | 0 | 0 | 0 | 498 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.008 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d23.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.1 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.65 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.62 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.46 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.53 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.121 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.341 | 8 | 3.1 % |
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Rwork | 0.283 | 252 | - |
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obs | - | - | 96.7 % |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.229 / Rfactor Rfree: 0.281 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 17.8 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.007 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg24.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.3 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.7 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.77 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.98 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.283 / % reflection Rfree: 3.1 % / Rfactor Rwork: 0.283 / Num. reflection obs: 260 / Rfactor obs: 0.286 |
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