PDB-2asv: X-Ray studies on protein complexes: Enzymatic catalysis in Crysta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2asv

タイトル

X-Ray studies on protein complexes: Enzymatic catalysis in Crystals of E. coli Maltodextrin Phosphorylase (MalP)

要素

Maltodextrin phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / maltopentaose / carbohydrate recognition / phosphorylase mechanism / ternary oligosaccharide complexes / diffusion of substrates in the crystal / catalysis in the crystal

機能・相同性

機能・相同性情報

maltodextrin phosphorylase activity / alpha-glucan catabolic process / glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / glycogen catabolic process / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Geremia, S. / Campagnolo, M.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: X-Ray studies on protein complexes: Enzymatic catalysis in Crystals of E.coli Maltodextrin Phosphorylase (MalP)
著者: Geremia, S. / Campagnolo, M.

履歴

登録	2005年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年11月10日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2asv.cif.gz	354.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2asv.ent.gz	284.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2asv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2asv_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2asv_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2asv_validation.xml.gz	68.8 KB	表示
CIF形式データ	2asv_validation.cif.gz	101 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/2asv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/2asv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1l5vS 1l5w 1l6i 1qm5 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1e4o-d 1l5v-d 1l5w-d 2azd-d 2aw3-d 1qm5-d 3g2k-2 3zcu-1 4mi3-1 2gpn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Maltodextrin phosphorylase

B: Maltodextrin phosphorylase

ヘテロ分子

184 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.327, 104.723, 214.787
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	PRO	1	A	A	1 - 3	1 - 3
2	1	1	SER	PRO	1	B	B	1 - 3	1 - 3
3	2	1	ILE	ILE	2	A	A	4	4
4	2	1	ILE	ILE	2	B	B	4	4
5	3	1	PHE	ASN	1	A	A	5 - 172	5 - 172
6	3	1	PHE	ASN	1	B	B	5 - 172	5 - 172
7	4	1	GLU	GLU	3	A	A	173	173
8	4	1	GLU	GLU	3	B	B	173	173
9	5	1	ALA	GLY	1	A	A	174 - 236	174 - 236
10	5	1	ALA	GLY	1	B	B	174 - 236	174 - 236
11	6	1	ASP	ASP	3	A	A	237	237
12	6	1	ASP	ASP	3	B	B	237	237
13	7	1	PHE	PHE	1	A	A	238 - 262	238 - 262
14	7	1	PHE	PHE	1	B	B	238 - 262	238 - 262
15	8	1	GLU	GLU	3	A	A	263	263
16	8	1	GLU	GLU	3	B	B	263	263
17	9	1	GLY	LEU	1	A	A	264 - 269	264 - 269
18	9	1	GLY	LEU	1	B	B	264 - 269	264 - 269
19	10	1	MET	MET	3	A	A	270	270
20	10	1	MET	MET	3	B	B	270	270
21	11	1	GLN	LEU	1	A	A	271 - 294	271 - 294
22	11	1	GLN	LEU	1	B	B	271 - 294	271 - 294
23	12	1	HIS	LEU	3	A	A	295 - 297	295 - 297
24	12	1	HIS	LEU	3	B	B	295 - 297	295 - 297
25	13	1	ALA	HIS	1	A	A	298 - 325	298 - 325
26	13	1	ALA	HIS	1	B	B	298 - 325	298 - 325
27	14	1	GLN	GLN	3	A	A	326	326
28	14	1	GLN	GLN	3	B	B	326	326
29	15	1	MET	ASP	1	A	A	327 - 469	327 - 469
30	15	1	MET	ASP	1	B	B	327 - 469	327 - 469
31	16	1	LYS	LYS	3	A	A	470	470
32	16	1	LYS	LYS	3	B	B	470	470
33	17	1	SER	LEU	1	A	A	471 - 472	471 - 472
34	17	1	SER	LEU	1	B	B	471 - 472	471 - 472
35	18	1	GLN	GLN	3	A	A	473	473
36	18	1	GLN	GLN	3	B	B	473	473
37	19	1	LYS	PRO	1	A	A	474 - 599	474 - 599
38	19	1	LYS	PRO	1	B	B	474 - 599	474 - 599
39	20	1	LEU	LEU	3	A	A	600	600
40	20	1	LEU	LEU	3	B	B	600	600
41	21	1	VAL	SER	1	A	A	601 - 716	601 - 716
42	21	1	VAL	SER	1	B	B	601 - 716	601 - 716
43	22	1	ASP	ASP	3	A	A	717	717
44	22	1	ASP	ASP	3	B	B	717	717
45	23	1	GLY	VAL	1	A	A	718 - 740	718 - 740
46	23	1	GLY	VAL	1	B	B	718 - 740	718 - 740
47	24	1	MET	MET	3	A	A	741	741
48	24	1	MET	MET	3	B	B	741	741
49	25	1	ALA	GLY	1	A	A	742 - 776	742 - 776
50	25	1	ALA	GLY	1	B	B	742 - 776	742 - 776
51	26	1	MET	MET	3	A	A	777	777
52	26	1	MET	MET	3	B	B	777	777
53	27	1	PHE	ARG	1	A	A	778 - 790	778 - 790
54	27	1	PHE	ARG	1	B	B	778 - 790	778 - 790
55	28	1	PLP	PLP	1	A	I	900
56	28	1	PLP	PLP	1	B	J	900
57	29	1	GLC	PO4	4	A	C - G	993 - 999
58	29	1	GLC	PO4	4	B	E - H	993 - 1999
1	1	2	HOH	HOH	1	A	K	1999 - 2435
2	1	2	HOH	HOH	1	B	L	3025 - 3464

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The biological assembly is a HOMODIMER; the homodimer constitutes the asymmetric unit

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Maltodextrin phosphorylase 分子量: 90547.062 Da / 分子数: 2 / 変異: H261A, T262F, A263E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: EG10560 / プラスミド: PMAP101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DELTA MAL518 / 参照: UniProt: P00490, glycogen phosphorylase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-ASO / 1,5-anhydro-D-glucitol / 1,5-ANHYDROSORBITOL

タイプ: D-saccharide / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₅

-
非ポリマー , 3種, 1188分子

#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate 分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 4000, lithium chloride, (hydroxymethyl) aminomethane, maltopentaose, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月31日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→15 Å / Num. all: 121744 / Num. obs: 119849 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 25.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 16075 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MAR345		データ収集
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1L5V

1l5v

解像度: 1.95→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22604	6018	5 %	RANDOM
R_work	0.17939	-	-	-
obs	0.18168	113766	97.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.275 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12778	0	174	1184	14136

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.021	13258
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	11860
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.633	1.95	17994
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.679	3	27570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.442	5	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	14650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	2678
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	3147
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.286	0.2	14188
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.11	0.2	6761
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.253	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.325	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.184	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.88	1.5	7920
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.568	2	12710
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.534	3	5338
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.099	4.5	5284

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	12029	tight positional	0.06	0.05
2	441	tight positional	0.15	0.05
1	127	medium positional	0.38	0.5
1	139	loose positional	0.97	5
1	12029	tight thermal	0.29	0.5
2	441	tight thermal	0.6	0.5
1	127	medium thermal	1.25	2
1	139	loose thermal	3.4	10

LS精密化シェル

解像度: 1.949→1.999 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.301	384
R_work	0.258	7168
obs	-	7680

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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