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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2asf
タイトルCrystal structure of the conserved hypothetical protein Rv2074 from Mycobacterium tuberculosis 1.6 A
要素Hypothetical protein Rv2074
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Rv2074 / H37Rv / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; FMN電子受容体を用いる / coenzyme F420 binding / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / peptidoglycan-based cell wall / oxidoreductase activity / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
F420-binding domain, putative / : / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / F420H(2)-dependent biliverdin reductase / F420H(2)-dependent biliverdin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Biswal, B.K. / Au, K. / Cherney, M.M. / Garen, C. / James, M.N. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: The molecular structure of Rv2074, a probable pyridoxine 5'-phosphate oxidase from Mycobacterium tuberculosis, at 1.6 angstroms resolution.
著者: Biswal, B.K. / Au, K. / Cherney, M.M. / Garen, C. / James, M.N.
履歴
登録2005年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein Rv2074
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5144
ポリマ－15,1071
非ポリマー4073
水3,153175
1
A: Hypothetical protein Rv2074
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein Rv2074
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0288
ポリマ－30,2142
非ポリマー8146
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area3220 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12390 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)73.395, 73.395, 44.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2021-

HOH

詳細The biological functional molecule is a dimer. The crystal asymmetric unit contains a monomer. The dimer can be generated by the symmetry operation y, x, -z

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein Rv2074


分子量: 15106.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q10682, UniProt: P9WLL7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% PEG 4000, 0.2M sodium citrate, 3% dioxane, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.979571, 1.019691, 1.115869
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月29日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9795711
21.0196911
31.1158691
反射解像度: 1.6→38.24 Å / Num. all: 16681 / Num. obs: 16283 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 87.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
Blu-Iceデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→38.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.615 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20397 792 4.9 %RANDOM
Rwork0.17866 ---
obs0.17992 15503 97.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.561 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数963 0 27 175 1165
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0211008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2711.991373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7935124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.58522.12847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.9115161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1891514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02779
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.2703
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0950.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1620.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1120.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7041.5624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3621005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3453391
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3964.5368
LS精密化 シェル解像度: 1.599→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 42 -
Rwork0.244 995 -
obs--87.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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