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Yorodumi- PDB-3e0r: Crystal structure of cppA protein from Streptococcus pneumoniae TIGR4 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3e0r | ||||||
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Title | Crystal structure of cppA protein from Streptococcus pneumoniae TIGR4 | ||||||
Components | C3-degrading proteinase (CppA protein) | ||||||
Keywords | HYDROLASE / cppA / C3-degrading proteinase / MCSG / PSI / SAD / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information C3-degrading proteinase like domains / CppA, N-terminal / CppA, C-terminal / CppA N-terminal / CppA C-terminal / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Nocek, B. / Mulligan, R. / Abdullah, J. / Otwinowski, Z. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of cppA protein from Streptococcus pneumoniae TIGR4 Authors: Nocek, B. / Mulligan, R. / Abdullah, S. / Otwinowski, Z. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3e0r.cif.gz | 214.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3e0r.ent.gz | 175.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3e0r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3e0r_validation.pdf.gz | 449.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3e0r_full_validation.pdf.gz | 467.8 KB | Display | |
Data in XML | 3e0r_validation.xml.gz | 48.5 KB | Display | |
Data in CIF | 3e0r_validation.cif.gz | 64.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/3e0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/3e0r | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Details | authors state that the biological assembly is currently unknown |
-Components
#1: Protein | Mass: 27984.016 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (bacteria) / Strain: TIGR4 / Gene: cppA, SP_1449 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9X4I9 #2: Chemical | ChemComp-CL / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.01M sodium citrate 33% PEG 6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.9794 Å |
Detector | Type: SBC-3 / Detector: CCD / Date: Nov 9, 2007 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→40 Å / Num. all: 63993 / Num. obs: 62250 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 9.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 83.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 12.716 / SU ML: 0.164 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.23 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.228 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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