PDB-2ar7: Crystal structure of human adenylate kinase 4, AK4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ar7

タイトル

Crystal structure of human adenylate kinase 4, AK4

要素

Adenylate kinase 4

キーワード

TRANSFERASE / AK4 / nucleotide kinase / nucleotide binding / human / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside diphosphate biosynthetic process / nucleoside monophosphate kinase activity / nucleoside-triphosphate-adenylate kinase / nucleoside triphosphate adenylate kinase activity / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / adenylate kinase activity / nucleoside-diphosphate kinase / nucleobase-containing small molecule interconversion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Filippakopoulos, P. / Turnbull, A.P. / Fedorov, O. / Weigelt, J. / Bunkoczi, G. / Ugochukwu, E. / Debreczeni, J. / Niesen, F. / von Delft, F. / Edwards, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human adenylate kinase 4, AK4
著者: Filippakopoulos, P. / Turnbull, A.P. / Fedorov, O. / Weigelt, J. / Bunkoczi, G. / Ugochukwu, E. / Debreczeni, J. / Niesen, F. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / Knapp, S.

履歴

登録	2005年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ar7.cif.gz	108.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ar7.ent.gz	83.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ar7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ar7_validation.pdf.gz	434.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ar7_full_validation.pdf.gz	435 KB	表示
XML形式データ	2ar7_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	2ar7_validation.cif.gz	30 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/2ar7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/2ar7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bbwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4x8m-d 6rze-d 4ei2-2 2puk-2 6s36-d 3tdv-2 4ei2-3 3hsr-2 2pu9-d 1zvm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenylate kinase 4

B: Adenylate kinase 4

56 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenylate kinase 4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Adenylate kinase 4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Adenylate kinase 4

B: Adenylate kinase 4

A: Adenylate kinase 4

B: Adenylate kinase 4

ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

A: Adenylate kinase 4

B: Adenylate kinase 4

A: Adenylate kinase 4

B: Adenylate kinase 4

ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

6

A: Adenylate kinase 4

ソフトウェアが定義した集合体
56 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

B: Adenylate kinase 4

ソフトウェアが定義した集合体
56 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.738, 95.514, 140.873
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Adenylate kinase 4 / ATP-AMP transphosphorylase / Adenylate kinase isoenzyme 4 / AK4 分子量: 27975.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AK3, AK4 / プラスミド: pLIC-SGC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P27144, adenylate kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Adenylate kinase 4 / ATP-AMP transphosphorylase / Adenylate kinase isoenzyme 4 / AK4

分子量: 27975.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AK3, AK4 / プラスミド: pLIC-SGC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P27144, adenylate kinase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: sodium succinate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.968 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月23日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→47.95 Å / Num. all: 32401 / Num. obs: 32401 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2704 / % possible all: 82.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2BBW

2bbw

解像度: 2.15→47.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 9.398 / SU ML: 0.129 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22995	1635	5 %	RANDOM
R_work	0.16617	-	-	-
all	0.16934	30746	-	-
obs	0.16934	30746	97.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3470	0	0	314	3784

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	3590
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3313
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.455	1.966	4887
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.868	3	7693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.118	5	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.101	23.54	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.296	15	610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.241	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	547
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3993
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	712
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	701
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	3223
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	2057
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	231
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.268	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.225	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.116	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.212	3	2451
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.212	3	896
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.185	5	3610
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.649	8	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.668	11	1271

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.205 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	108	-
R_work	0.224	1845	-
obs	-	-	79.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7831	-0.4542	-0.0344	1.9988	-1.3268	1.1124	0.0542	0.0418	-0.0318	0.0621	0.0132	-0.0886	0.1406	0.0156	-0.0674	0.1305	-0.0106	-0.0237	0.2129	0.0194	0.0612	15.1939	21.3258	36.5322
2	4.1683	0.5564	-0.8085	2.0856	-0.0802	2.7134	0.0547	0.1254	0.1798	0.1139	-0.1041	0.231	-0.1472	-0.3661	0.0494	0.0054	0.0554	0.0281	0.1	-0.0211	-0.0009	-15.0236	37.5671	60.7332
3	0.8895	-0.4939	-0.0705	1.5926	-0.1228	3.6346	0.0763	-0.1135	-0.0518	-0.1366	0.0998	-0.017	0.0006	-0.1925	-0.1761	0.0591	-0.0611	0.0184	0.1391	0.0544	0.0385	11.5947	28.3046	32.3858
4	23.1169	-2.9842	3.6651	8.7232	5.4368	5.9109	0.46	0.6672	0.4081	0.2347	0.6312	-0.9005	0.5009	0.2156	-1.0912	0.4621	-0.0239	-0.0098	0.252	0.0717	0.0773	14.259	27.9662	21.8101
5	1.7759	-0.4763	0.991	1.4448	-0.6421	2.5528	0.0176	0.0211	0.0341	0.0063	-0.0372	-0.0011	0.0269	-0.0054	0.0196	0.064	0.014	-0.0035	0.0904	0.0215	0.0008	23.9456	11.6611	69.1897
6	0.328	-0.1209	0.0556	4.5798	1.5536	2.4158	0.0044	0.1467	0.0376	0.0185	0.0063	0.0504	0.1289	0.0953	-0.0107	0.0013	0.0347	0.0218	0.0597	-0.0098	-0.0527	30.6432	-8.7328	48.5041
7	2.5437	-0.3159	-1.0906	2.3759	0.5609	7.7384	-0.2678	-0.1539	-0.0717	-0.0866	0.0011	0.0235	0.619	-0.0999	0.2667	0.145	-0.0122	-0.0251	0.0492	0.0464	0.039	25.8743	13.4443	69.0659
8	2.8808	1.2002	-0.7825	5.4003	-1.6571	3.4205	-0.2324	0.2424	0.131	-0.3362	0.2009	0.1643	0.0523	-0.184	0.0315	0.0831	-0.0336	-0.0805	0.0984	0.0079	-0.0173	28.3953	9.6058	73.8304

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 125	26 - 147
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	126 - 159	148 - 181
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	160 - 211	182 - 233
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	212 - 224	234 - 246
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	4 - 125	26 - 147
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	126 - 168	148 - 190
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	169 - 193	191 - 215
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	194 - 224	216 - 246

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