PDB-2bbw: Crystal structure of human adenylate kinase 4 (AK4) in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bbw

タイトル

Crystal structure of human adenylate kinase 4 (AK4) in complex with diguanosine pentaphosphate

要素

adenylate kinase 4, AK4

キーワード

TRANSFERASE / AK4 / nucleotide kinase / nucleotide binding / human / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside diphosphate biosynthetic process / nucleoside triphosphate adenylate kinase activity / nucleoside-phosphate kinase / nucleoside monophosphate kinase activity / dAMP kinase activity / CMP kinase activity / dCMP kinase activity / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Filippakopoulos, P. / Turnbull, A.P. / Fedorov, O. / Weigelt, J. / Bunkoczi, G. / Ugochukwu, E. / Debreczeni, J. / Niesen, F. / von Delft, F. / Edwards, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human adenylate kinase 4 (AK4) in complex with diguanosine pentaphosphate
著者: Filippakopoulos, P. / Turnbull, A.P. / Fedorov, O. / Weigelt, J. / Bunkoczi, G. / Ugochukwu, E. / Debreczeni, J. / Niesen, F. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / Knapp, S.

履歴

登録	2005年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bbw.cif.gz	108.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bbw.ent.gz	81.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bbw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2bbw_validation.pdf.gz	1008.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2bbw_full_validation.pdf.gz	1015.7 KB	表示
XML形式データ	2bbw_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	2bbw_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/2bbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/2bbw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zd8S 2ar7 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5gvh-d 5hxe-d 5dax-d 7cog-2 3v1v-d 5jnq-d 5ddv-d 2npd-d 3qrp-d 6jzm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: adenylate kinase 4, AK4

B: adenylate kinase 4, AK4

ヘテロ分子

57.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: adenylate kinase 4, AK4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: adenylate kinase 4, AK4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.836, 66.375, 77.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	adenylate kinase 4, AK4 / ATP-AMP transphosphorylase 分子量: 27975.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AK4 / プラスミド: pLIC-SGC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P27144, adenylate kinase
#2: 化合物	ChemComp-GP5 / DIGUANOSINE-PENTAPHOSPHATE 分子量: 948.366 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₉N₁₀O₂₄P₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.38 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 6000, 0.2M NaCl, 10% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月6日 / 詳細: OSMIC
放射	モノクロメーター: OSMIC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 25968 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 %
反射シェル	解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 69.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZD8

1zd8

解像度: 2.05→32.359 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 9.882 / SU ML: 0.144 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24892	1298	5 %	RANDOM
R_work	0.1798	-	-	-
obs	0.18323	24639	94.84 %	-
all	-	24639	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.699 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.27 Å²	0 Å²	-0.41 Å²
2-	-	-1.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→32.359 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3435	0	118	154	3707

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3662
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.833	2.008	5015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.231	5	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.088	23.355	155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.436	15	584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.916	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.143	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2738
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.179	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.141	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.238	3	2258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.786	5	3576
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.085	7	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.675	11	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	67	-
R_work	0.23	1261	-
obs	-	-	66.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4294	0.8237	-0.1796	2.2067	-0.1738	1.0081	-0.0584	0.0098	0.0151	-0.0575	0.0849	0.2136	0.0027	-0.0429	-0.0265	-0.1607	0.0186	0.0051	-0.1528	0.0027	-0.1622	-4.6657	7.0903	34.375
2	68.1781	-20.0402	-21.1982	38.1018	0.1143	7.89	0.9166	4.0435	-1.2385	-1.7703	-1.0256	2.4436	-0.3258	-1.9014	0.109	-0.0063	0.0974	-0.0888	0.063	-0.1875	0.0635	-13.7145	15.3305	50.0318
3	2.8979	-3.8923	-1.8751	11.9954	5.5966	3.8452	-0.1979	-0.2591	0.131	0.7059	0.1744	0.2058	0.1538	0.0647	0.0235	-0.0892	-0.0256	0.0492	-0.0863	-0.0017	-0.0824	-6.6542	9.0456	52.979
4	1.4544	0.2925	-0.0299	3.9097	0.2468	1.2844	0.0354	-0.0356	-0.0959	-0.0519	-0.0224	-0.4373	0.0052	0.0446	-0.013	-0.1954	-0.0067	0.0014	-0.1122	-0.0218	-0.1155	10.7563	12.1092	34.2897
5	1.0922	0.8091	-0.4161	3.4262	-0.678	4.975	-0.0358	-0.1008	-0.2273	-0.0253	0.1826	0.0892	0.2252	-0.1813	-0.1468	-0.213	0.0063	0.0056	-0.1278	0.0166	-0.1681	26.5324	-7.6481	2.8616
6	3.323	-0.1047	-0.1699	1.2499	-0.0443	1.0407	0.0015	-0.0766	0.0716	0.1237	-0.0246	0.1453	-0.0243	0.0009	0.0231	-0.1428	-0.0133	0.0211	-0.1036	-0.0227	-0.1162	14.5771	0.2993	8.4786
7	4.2064	3.9528	2.3584	7.2805	2.6978	1.5168	-0.2837	0.2512	0.1878	-0.5033	0.1757	0.3548	-0.2634	0.128	0.108	-0.0152	0.0046	-0.0206	-0.1171	-0.0205	-0.1544	18.2257	-5.7094	-14.6044
8	1.3323	-0.4007	0.4682	3.0073	0.4946	1.1298	0.0267	0.0374	-0.0189	-0.0987	0.0602	-0.2546	0.0365	0.1329	-0.0868	-0.1418	0.01	0.0126	-0.1309	-0.0164	-0.0884	31.2053	-2.5827	1.5313

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 127	26 - 149
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	128 - 135	150 - 157
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	136 - 175	158 - 197
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	176 - 223	198 - 245
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	4 - 30	26 - 52
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	31 - 113	53 - 135
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	114 - 164	136 - 186
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	165 - 223	187 - 245

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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