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万見
- PDB-5hxe: Structural mechanisms of extracellular ion exchange and induced b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hxe
タイトルStructural mechanisms of extracellular ion exchange and induced binding-site occlusion in the sodium-calcium exchanger NCX_Mj soaked with 100 mM Na+ and zero Ca2+
要素sodium,calcium exchanger
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Na+/Ca2+ exchange / Calcium signalling / membrane transporter / induced conformational change
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium, potassium:sodium antiporter activity / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NCX, central ion-binding region / NCX, peripheral helical region / Sodium/potassium/calcium exchanger / Sodium/calcium exchanger membrane region / NCX, central ion-binding domain superfamily / Sodium/calcium exchanger protein / A middle domain of Talin 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix non-globular / Special ...NCX, central ion-binding region / NCX, peripheral helical region / Sodium/potassium/calcium exchanger / Sodium/calcium exchanger membrane region / NCX, central ion-binding domain superfamily / Sodium/calcium exchanger protein / A middle domain of Talin 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PENTADECANE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Uncharacterized membrane protein MJ0091
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.288 Å
データ登録者Liao, J. / Jiang, Y.X. / Faraldo-Gomez, J.D.
資金援助 中国, 米国, 5件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of ChinaProject 31470817 中国
Howard Hughes Medical Institutefunding for Youxing Jiang 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM079179 米国
Welch FoundationGrant I-1578 米国
National Institutes of HealthDivision of Intramural Research of National Heart, Lung and Blood Institute 米国
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Mechanism of extracellular ion exchange and binding-site occlusion in a sodium/calcium exchanger
著者: Liao, J. / Marinelli, F. / Lee, C. / Huang, Y. / Faraldo-Gomez, J.D. / Jiang, Y.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Structural insight into the ion-exchange mechanism of the sodium/calcium exchanger
著者: Liao, J. / Li, H. / Zeng, W. / Sauer, D.B. / Belmares, R. / Jiang, Y.
履歴
登録2016年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22017年10月18日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_audit_support ...entity / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / struct
Item: _entity.pdbx_description / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity.pdbx_description / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.32022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sodium,calcium exchanger
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,14518
ポリマ－32,3311
非ポリマー2,81417
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.765, 72.854, 96.356
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 sodium,calcium exchanger


分子量: 32331.480 Da / 分子数: 1 / 断片: L2V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: MJ0091 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57556

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非ポリマー , 6種, 84分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-MYS / PENTADECANE / ペンタデカン


分子量: 212.415 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H32
#4: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 15824 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 35.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.634 / Net I/av σ(I): 15.906 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 53174
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.28-2.323.30.5637890.7220.3580.6721.52298.6
2.32-2.363.30.4568160.7510.2850.5411.35498.4
2.36-2.413.40.4437590.8020.2690.5211.41898.4
2.41-2.463.40.4128210.8230.2530.4871.45198.9
2.46-2.513.30.3997860.9370.2450.4711.65697.6
2.51-2.573.50.337680.9020.2030.391.53898.2
2.57-2.633.50.2597920.9090.1550.3031.46798.5
2.63-2.73.40.2318050.9530.1390.2711.52998.7
2.7-2.783.50.2257930.9450.1350.2641.58498.4
2.78-2.873.40.1897840.9570.1160.2231.57298.2
2.87-2.983.40.177950.9620.1020.21.65998.3
2.98-3.093.50.1448230.9750.0860.1681.74798.6
3.09-3.243.40.1287950.9760.0780.1511.92398
3.24-3.413.40.1128100.9810.0690.1321.69198.2
3.41-3.623.30.0958080.9840.060.1131.8598.2
3.62-3.93.30.0797920.9890.0490.0941.94397.9
3.9-4.293.40.0698180.9880.0430.0821.84897.1
4.29-4.9130.0575750.9930.0370.0681.72667.7
4.91-6.193.20.0578320.9940.0350.0671.67497.7
6.19-503.10.0458630.9970.0290.0541.54193.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V5U

3v5u


解像度: 2.288→26.986 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2389 1574 9.98 %
Rwork0.1943 14193 -
obs0.1987 15767 96.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.95 Å2 / Biso mean: 41.2619 Å2 / Biso min: 22.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.288→26.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2218 0 168 67 2453
Biso mean--57.62 50.16 -
残基数----297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032423
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0243232
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022385
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003373
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.281906
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.288-2.36190.25911390.21351264140397
2.3619-2.44620.25121440.20441288143298
2.4462-2.54410.27521410.19671282142397
2.5441-2.65980.26441440.17761298144299
2.6598-2.79990.24811460.1731315146199
2.7999-2.97510.24121440.18861301144598
2.9751-3.20450.21941460.17721309145598
3.2045-3.52630.21751460.19161317146398
3.5263-4.03510.23711470.18261329147698
4.0351-5.07830.24071230.19081096121981
5.0783-26.98810.23451540.2221394154896

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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