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- PDB-3v5u: Structure of Sodium/Calcium Exchanger from Methanocaldococcus jan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v5u
タイトルStructure of Sodium/Calcium Exchanger from Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661
要素Uncharacterized membrane protein MJ0091
キーワードMETAL TRANSPORT / lipid cubic phase / cation protein complex / sodium / calcium exchanger / Membrane protein / Alpha Helical / superfamily of cation / cation binding / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium, potassium:sodium antiporter activity / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NCX, central ion-binding region / NCX, peripheral helical region / Sodium/potassium/calcium exchanger / Sodium/calcium exchanger membrane region / NCX, central ion-binding domain superfamily / Sodium/calcium exchanger protein / A middle domain of Talin 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix non-globular / Special ...NCX, central ion-binding region / NCX, peripheral helical region / Sodium/potassium/calcium exchanger / Sodium/calcium exchanger membrane region / NCX, central ion-binding domain superfamily / Sodium/calcium exchanger protein / A middle domain of Talin 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PENTADECANE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Uncharacterized membrane protein MJ0091
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Jiang, Y. / Liao, J. / Li, H. / Zeng, W. / Sauer, D. / Belmares, R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Structural insight into the ion-exchange mechanism of the sodium/calcium exchanger.
著者: Liao, J. / Li, H. / Zeng, W. / Sauer, D.B. / Belmares, R. / Jiang, Y.
履歴
登録2011年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized membrane protein MJ0091
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,55925
ポリマ－34,2411
非ポリマー4,31824
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.490, 72.879, 96.206
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Uncharacterized membrane protein MJ0091


分子量: 34240.574 Da / 分子数: 1 / 変異: L2V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: MJ0091 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57556

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非ポリマー , 7種, 123分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物
ChemComp-MYS / PENTADECANE / ペンタデカン


分子量: 212.415 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H32
#7: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: lipic cubic phase / pH: 6.5
詳細: 42% (v/v) PEG400, 0.1-0.2 M NaAc, 0.1 M MES pH 6.5, lipic cubic phase, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-B10.9793
シンクロトロンAPS 23-ID-B21.8458
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年6月18日
放射プロトコル: SIRAS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
21.84581
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 27923 / % possible obs: 98.9 %
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 8.9 % / Rsym value: 0.88 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→37.673 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 18.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2104 1900 7.16 %
Rwork0.1853 --
obs0.1871 26548 93.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.526 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.1713 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.501 Å20 Å2
3----4.6703 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.673 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2218 0 262 99 2579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082510
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3753321
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.761967
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004384
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.96520.24541610.21382117X-RAY DIFFRACTION82
1.9652-2.04390.23121790.18222282X-RAY DIFFRACTION89
2.0439-2.13690.19481780.16642347X-RAY DIFFRACTION90
2.1369-2.24950.20881850.1592410X-RAY DIFFRACTION93
2.2495-2.39050.22121910.15412460X-RAY DIFFRACTION95
2.3905-2.5750.18431950.15972510X-RAY DIFFRACTION96
2.575-2.83410.22171960.15912543X-RAY DIFFRACTION97
2.8341-3.2440.21022000.16982593X-RAY DIFFRACTION98
3.244-4.08630.20042030.17962634X-RAY DIFFRACTION99
4.0863-37.68010.20712120.21352752X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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