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- PDB-4ei2: Crystal Structures of MthK RCK gating ring bound to Barium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ei2
タイトルCrystal Structures of MthK RCK gating ring bound to Barium
要素Calcium-gated potassium channel mthK
キーワードTRANSPORT PROTEIN / K+ CHANNEL / MEMBRANE PROTEIN / RCK DOMAIN / Ba2+ BINDING / ROSSMANN-FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. ...Voltage-gated potassium channel / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. / Potassium channel domain / Ion channel / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Calcium-gated potassium channel MthK
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.108 Å
データ登録者Smith, F.J. / Cingolani, G. / Rothberg, B.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of a Ba(2+)-Bound Gating Ring Reveals Elementary Steps in RCK Domain Activation.
著者: Smith, F.J. / Pau, V.P. / Cingolani, G. / Rothberg, B.S.
履歴
登録2012年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Other
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Calcium-gated potassium channel mthK
B: Calcium-gated potassium channel mthK
C: Calcium-gated potassium channel mthK
D: Calcium-gated potassium channel mthK
E: Calcium-gated potassium channel mthK
F: Calcium-gated potassium channel mthK
G: Calcium-gated potassium channel mthK
H: Calcium-gated potassium channel mthK
I: Calcium-gated potassium channel mthK
J: Calcium-gated potassium channel mthK
K: Calcium-gated potassium channel mthK
L: Calcium-gated potassium channel mthK
M: Calcium-gated potassium channel mthK
N: Calcium-gated potassium channel mthK
O: Calcium-gated potassium channel mthK
P: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)438,02973
ポリマ－430,20216
非ポリマー7,82857
水57632
1
A: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5746
ポリマ－26,8881
非ポリマー6875
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4375
ポリマ－26,8881
非ポリマー5494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3004
ポリマ－26,8881
非ポリマー4123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5746
ポリマ－26,8881
非ポリマー6875
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7127
ポリマ－26,8881
非ポリマー8246
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4375
ポリマ－26,8881
非ポリマー5494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4375
ポリマ－26,8881
非ポリマー5494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1623
ポリマ－26,8881
非ポリマー2752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3004
ポリマ－26,8881
非ポリマー4123
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1623
ポリマ－26,8881
非ポリマー2752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4375
ポリマ－26,8881
非ポリマー5494
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
L: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1623
ポリマ－26,8881
非ポリマー2752
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
13
M: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4375
ポリマ－26,8881
非ポリマー5494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
14
N: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3004
ポリマ－26,8881
非ポリマー4123
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
15
O: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3004
ポリマ－26,8881
非ポリマー4123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
16
P: Calcium-gated potassium channel mthK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3004
ポリマ－26,8881
非ポリマー4123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.045, 136.419, 498.427
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Calcium-gated potassium channel mthK


分子量: 26887.594 Da / 分子数: 16 / 断片: residues 115-336 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
株: Delta H / 遺伝子: mthK, MTH_1520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27564
#2: 化合物...
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 28% polyethylene glycol (PEG) 300, 100 mM BaCl2, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295 K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月1日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. all: 131081 / Num. obs: 127468 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.22 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 4.22 / Rsym value: 0.556 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.108→30 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2425 1937 1.53 %
Rwork0.2089 --
obs0.2094 127468 93.94 %
all-131021 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.8989 Å2-0 Å20 Å2
2---17.2581 Å2-0 Å2
3---25.157 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.108→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27716 0 57 32 27805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00628054
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99637870
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.60610734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0614388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054994
LS精密化 シェル解像度: 3.1083→3.1476 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3594 189 -
Rwork0.3863 6150 -
obs--65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.624-0.37030.87261.07650.8153.04740.0686-0.36840.26420.2931-0.006-0.05180.15980.00390.64880.79570.00750.07940.94310.00910.395635.804323.5604-126.2579
21.07220.44810.75031.46230.0020.75250.04330.03920.0646-0.07250.1308-0.3355-0.3716-0.05140.24520.7870.00760.13680.99010.08420.42845.270615.4005-136.0586
31.71420.37271.25922.0620.48230.9018-0.15160.008-0.185-0.17510.0459-1.0294-0.26180.1475-0.02140.974-0.05170.13541.0932-0.04240.721165.007929.9246-121.5162
41.02240.3635-0.41660.8741-0.76440.65130.2190.1577-0.5904-0.1213-0.00630.07250.5343-0.41620.00820.95830.06180.04760.9898-0.05960.704842.3744-16.7463-137.6839
50.79841.12330.51341.92390.43770.4754-0.0360.4571-0.3635-0.13910.0792-0.5696-0.04420.21830.00460.85930.0260.12891.0414-0.01390.429347.4596-2.3606-141.4879
60.2226-0.25570.75970.7625-0.81412.42330.16080.8188-0.2685-0.5567-0.2334-0.32240.49670.29140.02471.38460.070.21451.5838-0.15820.662638.9637-12.2975-166.8921
71.4502-0.45270.18640.89080.28180.15180.24050.141.2187-0.39370.09-0.1045-0.5150.1260.13171.06710.04470.12471.27380.09010.641318.58957.5687-144.4294
81.15740.6947-0.76421.6365-0.31910.4839-0.25460.59760.1596-0.17840.26990.34330.1362-0.2292-0.0010.83890.01140.00571.1192-0.01470.31413.7408-7.417-145.4473
92.9912-0.36850.8090.079-0.22382.99410.31710.9331-0.7051-0.21830.17230.06640.0829-0.05221.67081.18740.04210.17171.6374-0.05310.307228.8806-4.8703-169.3209
100.7523-0.3571-0.50460.30090.54750.9824-0.1868-0.4934-0.6501-0.048-0.01820.08680.25470.33510.00140.86340.00040.08451.23220.05740.547119.3687-26.5924-121.5074
111.07820.5825-0.75960.5673-0.6241.5841-0.2670.347-0.43850.02520.0981-0.12780.26350.1074-0.00010.7847-0.01520.04760.9755-0.08710.489912.6119-23.0074-134.7581
121.40891.25870.01881.41070.61881.17950.16620.037-0.0058-0.1343-0.1696-0.24850.06910.0655-0.04380.83280.01580.03871.0394-0.02950.4942-10.3548-33.9063-123.2115
130.1651-0.20660.11754.87720.47090.2191-0.17840.09550.2237-1.5735-0.08410.9682-0.82270.2512-0.0550.9634-0.0709-0.06811.017-0.02490.5644-0.44611.3614-121.473
140.96490.96640.13821.09830.61271.25370.3335-0.03990.15570.3835-0.3850.3821-0.2131-0.3133-0.0070.9379-0.09910.15461.0168-0.06220.51170.6655-6.2554-107.6762
152.26720.8892-0.40551.5302-0.14190.55540.2330.12210.67540.0615-0.04870.176-0.2204-0.11090.16960.886-0.05040.05661.0471-0.04190.5825-17.5783-23.2744-121.7558
160.95060.5363-0.02630.445-0.19940.17870.46210.1575-0.48890.16070.0949-0.65620.33730.33250.01831.201-0.0861-0.05781.30250.04130.665230.0826-13.7002-96.4446
173.01662.16970.31982.27891.68383.10730.5618-0.3755-0.96031.1594-0.4003-0.61780.46860.19141.18771.1699-0.27430.15481.21050.11770.020614.326-12.4601-96.1966
180.1584-0.1551-0.28030.35490.29180.30950.1833-0.1737-0.20150.7911-0.11490.1856-0.20220.84021.23241.8257-0.27010.14211.53380.03630.278120.67820.4109-71.4299
190.7439-0.62710.54982.9021-0.97860.52180.2141-0.34460.17130.27910.29390.96890.4103-0.37770.38140.9228-0.10790.14311.1135-0.0360.487517.293416.7449-103.7028
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精密化 TLSグループ
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34X-RAY DIFFRACTION34chain 'L' and (resid 115 through 161 )
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39X-RAY DIFFRACTION39chain 'M' and (resid 231 through 338 )
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41X-RAY DIFFRACTION41chain 'N' and (resid 136 through 161 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'N' and (resid 162 through 230 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'N' and (resid 231 through 304 )
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49X-RAY DIFFRACTION49chain 'P' and (resid 167 through 230 )
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'P' and (resid 231 through 335 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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