PDB-2ap3: 1.6 A Crystal Structure of a Conserved Protein of Unknown Functio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ap3

タイトル

1.6 A Crystal Structure of a Conserved Protein of Unknown Function from Staphylococcus aureus

要素

conserved hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / tetra helix / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

YkyA-like / Putative cell-wall binding lipoprotein YkyA-like / YkyA-like superfamily / Putative cell-wall binding lipoprotein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Zhang, R. / Zhou, M. / Joachimiak, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.6A crystal structure of a conserved hypothetical protein from Staphylococcus aureus MW2
著者: Zhang, R. / Zhou, M. / Joachimiak, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2005年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2014年11月26日	Group: Other
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ap3.cif.gz	57 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ap3.ent.gz	41.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ap3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/2ap3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/2ap3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4lws-d 2yn3-3 3k66-d 5cx2-d 3k6b-d 1syq-d 3nyl-d 4jol-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC008

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: conserved hypothetical protein

23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.240, 45.762, 72.485
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.66, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	conserved hypothetical protein 分子量: 23189.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 生物種: Staphylococcus aureus / 株: MW2 / 遺伝子: MW0975 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8NX77, UniProt: A0A0H3JVL5*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

conserved hypothetical protein

分子量: 23189.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: MW2 / 遺伝子: MW0975 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8NX77, UniProt: A0A0H3JVL5*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Bis/Tris propane, 2.0M NaAc, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795,0.9798,0.94656

検出器

タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月4日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.9798	1
3	0.94656	1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 27958 / Num. obs: 27203 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.5 % / B_iso Wilson estimate: 23.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 36.68

反射シェル

解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.114 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 2748 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 4.052 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27188	1348	5 %	RANDOM
R_work	0.22351	-	-	-
all	0.226	26596	-	-
obs	0.226	25830	97.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.366 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.57 Å²	0 Å²	1.49 Å²
2-	-	-0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.26 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.3 Å / Luzzati sigma a free: 0.25 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1565	0	0	297	1862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.147	1.986	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.897	5	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.189	27.368	76
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.76	15	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.4	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	835
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.197	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.122	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.822	1.5	988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.335	2	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.348	3	652
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.735	4.5	554

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.643 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	81	-
R_work	0.234	1757	-
obs	-	-	89.31 %

精密化 TLS

L23: -0.1278 °² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2383	0.0226	-0.5592	0.0363	1.4767	0.0234	0.0599	0.0133	0.0254	0.0069	-0.0055	-0.0029	-0.0857	-0.0303	-0.0122	-0.0078	0.0047	-0.0051	0.0044	-0.0111	17.4268	18.8034	48.0618
2	0.195	0.0131	-0.3507	0.0229	1.1245	0.0084	0.0313	0.0031	0.0284	0.0096	-0.0073	-0.0427	-0.0282	-0.018	-0.0127	-0.0071	-0.0073	-0.0278	-0.0041	-0.0057	15.8615	16.6068	56.2316

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 34	1 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	35 - 99	35 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	104 - 150	104 - 150
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	151 - 196	151 - 196
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	B	200 - 496

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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