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万見
- PDB-2ap2: SINGLE CHAIN FV OF C219 IN COMPLEX WITH SYNTHETIC EPITOPE PEPTIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ap2
タイトルSINGLE CHAIN FV OF C219 IN COMPLEX WITH SYNTHETIC EPITOPE PEPTIDE
要素
  • P-GLYCOPROTEIN
  • SINGLE CHAIN FV
キーワードIMMUNE SYSTEM / SINGLE CHAIN FV / MONOCLONAL ANTIBODY / C219 / P-GLYCOPROTEIN / IMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide export from mitochondrion / terpenoid transport / ceramide floppase activity / floppase activity / ABC-type oligopeptide transporter activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / phosphatidylcholine floppase activity / xenobiotic transport across blood-brain barrier / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / intercellular canaliculus ...oligopeptide export from mitochondrion / terpenoid transport / ceramide floppase activity / floppase activity / ABC-type oligopeptide transporter activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / phosphatidylcholine floppase activity / xenobiotic transport across blood-brain barrier / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / intercellular canaliculus / P-type phospholipid transporter / ABC-type xenobiotic transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / phospholipid translocation / immunoglobulin complex / efflux transmembrane transporter activity / adaptive immune response / mitochondrial inner membrane / apical plasma membrane / ATP hydrolysis activity / extracellular region / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Type 1 protein exporter / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / Immunoglobulin V-Type / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...: / Type 1 protein exporter / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / Immunoglobulin V-Type / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / Immunoglobulin V-set domain / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent translocase ABCB1 / Igh protein / ScFv B8E5 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Van Den Elsen, J.M.H. / Rose, D.R.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Antibody C219 recognizes an alpha-helical epitope on P-glycoprotein.
著者: van Den Elsen, J.M. / Kuntz, D.A. / Hoedemaeker, F.J. / Rose, D.R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: A single chain Fv fragment of P-glycoprotein-specific monoclonal antibody C219. Design, expression, and crystal structure at 2.4 A resolution.
著者: Hoedemaeker, F.J. / Signorelli, T. / Johns, K. / Kuntz, D.A. / Rose, D.R.
履歴
登録1999年3月22日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02018年3月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / diffrn_source ...atom_site / diffrn_source / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_entry_details / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _diffrn_source.source / _entity_src_gen.entity_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _entity_src_gen.pdbx_src_id / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12019年11月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SINGLE CHAIN FV
C: SINGLE CHAIN FV
P: P-GLYCOPROTEIN
Q: P-GLYCOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7924
ポリマ－61,7924
非ポリマー00
水1,15364
1
A: SINGLE CHAIN FV
P: P-GLYCOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8962
ポリマ－30,8962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11230 Å2
手法PISA
2
C: SINGLE CHAIN FV
Q: P-GLYCOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8962
ポリマ－30,8962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.792, 82.659, 93.978
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.85727, -0.48481, -0.17336), (-0.48038, 0.63198, 0.60814), (-0.18527, 0.60462, -0.77467)
ベクター: 70.78049, 77.66973, 70.08449)

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要素

#1: 抗体 SINGLE CHAIN FV


分子量: 29321.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞内の位置: PERIPLASMIC / プラスミド: PSJF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: Q6KB05, UniProt: Q505N9
#2: タンパク質・ペプチド P-GLYCOPROTEIN / EPITOPE PEPTIDE


分子量: 1574.757 Da / 分子数: 2 / Fragment: ATP-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED.
由来: (合成) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 40% MPD, 50 MM MES PH 6.3
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
140 %(v/v)MPD1drop
250 mMMES1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: QUARTZ CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 21637 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 15.1 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.472 / % possible all: 88.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 142245 / Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / % possible obs: 88.8 % / Num. unique obs: 1267 / Num. measured obs: 5585 / Rmerge(I) obs: 0.472

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AP2

1ap2


解像度: 2.4→50 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED (GAUSSIAN) / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 2047 9.5 %RANDOM
Rwork0.2207 ---
obs-20625 95.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.02 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.569 Å20 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3----9.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.35 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3890 0 0 64 3954
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.186
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.76
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.684
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.2991.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.8161.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.1612
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.5782
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3565 182 8.6 %
Rwork0.3595 1517 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.5 % / Rfactor obs: 0.231
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.684
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2
LS精密化 シェル
*PLUS
% reflection Rfree: 8.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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