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万見
- PDB-2an3: Structure of PNMT with S-adenosyl-L-homocysteine and the semi-rig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2an3
タイトルStructure of PNMT with S-adenosyl-L-homocysteine and the semi-rigid analogue acceptor substrate cis-(1R,2S)-2-amino-1-tetralol.
要素Phenylethanolamine N-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / substrate structure / S-adenosyl-L-methionine / adrenaline synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylethanolamine N-methyltransferase / phenylethanolamine N-methyltransferase activity / epinephrine biosynthetic process / Catecholamine biosynthesis / catecholamine biosynthetic process / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT / Methyltransferase NNMT/PNMT/TEMT, conserved site / : / NNMT/PNMT/TEMT family / NNMT/PNMT/TEMT family of methyltransferases signature. / SAM-dependent methyltransferase NNMT/PNMT/TEMT-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CTL / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Phenylethanolamine N-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gee, C.L. / Tyndall, J.D.A. / Grunewald, G.L. / Wu, Q. / McLeish, M.J. / Martin, J.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Mode of binding of methyl acceptor substrates to the adrenaline-synthesizing enzyme phenylethanolamine N-methyltransferase: implications for catalysis
著者: Gee, C.L. / Tyndall, J.D.A. / Grunewald, G.L. / Wu, Q. / McLeish, M.J. / Martin, J.L.
履歴
登録2005年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylethanolamine N-methyltransferase
B: Phenylethanolamine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7876
ポリマ－63,6922
非ポリマー1,0954
水4,558253
1
A: Phenylethanolamine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3943
ポリマ－31,8461
非ポリマー5482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phenylethanolamine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3943
ポリマ－31,8461
非ポリマー5482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)93.780, 93.780, 187.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1233-

HOH

詳細enzyme is active as a monomer

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要素

#1: タンパク質 Phenylethanolamine N-methyltransferase / PNMTase / Noradrenaline N-methyltransferase


分子量: 31845.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PNMT / プラスミド: pET17PNMT-his / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P11086, phenylethanolamine N-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-CTL / CIS-(1R,2S)-2-AMINO-1,2,3,4-TETRAHYDRONAPHTHALEN-1-OL / CIS-(1R,2S)-1-HYDROXY-2-AMINO-1,2,3,4 TETRAHYDRONAPHTHALENE / CIS-(1R,2S)-2-AMINO-1-TETRALOL


分子量: 163.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13NO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: PEG 6000, LiCl, cacodylate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年8月24日 / 詳細: Osmic mirrors (Maxscreen)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→66.31 Å / Num. all: 43227 / Num. obs: 42859 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.67 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 12.8 / Scaling rejects: 2162
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.28 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. measured obs: 68 / Num. unique all: 4230 / Χ2: 1.18 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.1SSIdata processing
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1HNN

1hnn


解像度: 2.2→66.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 4317 10.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all-43227 --
obs-42856 99.1 %-
溶媒の処理Bsol: 50.5 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 44.365 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.461 Å20 Å20 Å2
2---6.461 Å20 Å2
3---12.923 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→66.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4111 0 76 253 4440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.772.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 419 9.9 %
Rwork0.37 3811 -
obs--99.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3sah_mod2.param
X-RAY DIFFRACTION4254_noH.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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