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万見
- PDB-2am2: sp protein ligand 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2am2
タイトルsp protein ligand 2
要素UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamyl-lysine-D-alanyl-D-alanine ligase, MurF protein
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide-D-alanyl-D-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate-D-alanyl-D-alanine ligase activity / UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide-D-alanyl-D-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D-alanine ligase / MurE/MurF, N-terminal domain / MurE/MurF, N-terminal / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal ...: / UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D-alanine ligase / MurE/MurF, N-terminal domain / MurE/MurF, N-terminal / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2LG / : / UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Longenecker, K.L. / Stamper, G.F. / Hajduk, P.J. / Fry, E.H. / Jakob, C.G. / Harlan, J.E. / Edalji, R. / Bartley, D.M. / Walter, K.A. / Solomon, L.R.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Structure of MurF from Streptococcus pneumoniae co-crystallized with a small molecule inhibitor exhibits interdomain closure
著者: Longenecker, K.L. / Stamper, G.F. / Hajduk, P.J. / Fry, E.H. / Jakob, C.G. / Harlan, J.E. / Edalji, R. / Bartley, D.M. / Walter, K.A. / Solomon, L.R. / Holzman, T.F. / Gu, Y.G. / Lerner, C.G. ...著者: Longenecker, K.L. / Stamper, G.F. / Hajduk, P.J. / Fry, E.H. / Jakob, C.G. / Harlan, J.E. / Edalji, R. / Bartley, D.M. / Walter, K.A. / Solomon, L.R. / Holzman, T.F. / Gu, Y.G. / Lerner, C.G. / Beutel, B.A. / Stoll, V.S.
履歴
登録2005年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamyl-lysine-D-alanyl-D-alanine ligase, MurF protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1852
ポリマ－50,7471
非ポリマー4381
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.624, 116.624, 162.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamyl-lysine-D-alanyl-D-alanine ligase, MurF protein / sp protein


分子量: 50746.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: R6 / 遺伝子: murF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: GenBank: 15459176, UniProt: Q8DNV6*PLUS, UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide-D-alanyl-D-alanine ligase
#2: 化合物 ChemComp-2LG / 2-CHLORO-N-(3-CYANO-5,6-DIHYDRO-4H-CYCLOPENTA[B]THIOPHEN-2-YL)-5-DIETHYLSULFAMOYL-BENZAMIDE


分子量: 437.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20ClN3O3S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.11 %

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 16580 / % possible obs: 98.9 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 1.944
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsΧ2Diffraction-ID
2.8-2.999.10.49916160.7291
2.9-3.0299.60.37216280.7881
3.02-3.1599.60.27616260.8511
3.15-3.3299.50.1916290.9481
3.32-3.5399.40.13216411.061
3.53-3.8990.12616411.5091
3.8-4.18990.08916531.5781
4.18-4.7898.90.07316622.0521
4.78-6.0298.40.08316922.941
6.02-3096.90.07817926.5731

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2AM1

2am1


解像度: 2.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.318 851 5.1 %random
Rwork0.243 ---
all0.243 16679 --
obs0.243 16516 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.792 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.76 Å2-2.125 Å20 Å2
2--2.76 Å20 Å2
3----5.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3499 0 28 137 3664
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3lig.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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