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- PDB-2akq: The structure of bovine B-lactoglobulin A in crystals grown at ve... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2akq
タイトルThe structure of bovine B-lactoglobulin A in crystals grown at very low ionic strength
要素Beta-lactoglobulin variant A
キーワードTRANSPORT PROTEIN / B-lactoglbulin / crystal lattice / low ionic strength / pseudo-merohedral twinning
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactoglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Adams, J.J. / Anderson, B.F. / Norris, G.E. / Creamer, L.K. / Jameson, G.B.
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of bovine beta-lactoglobulin (variant A) at very low ionic strength
著者: Adams, J.J. / Anderson, B.F. / Norris, G.E. / Creamer, L.K. / Jameson, G.B.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Bovine beta-lactoglobulin at 1.8 A resolution--still an enigmatic lipocalin
著者: Brownlow, S. / Morais-Cabral, J.H. / Cooper, R. / Flower, D.R. / Yewdall, S.J. / Polikarpov, I. / North, A.C. / Sawyer, L.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structural basis of the Tanford transition of bovine beta-lactoglobulin
著者: Qin, B.Y. / Bewley, M.C. / Creamer, L.K. / Baker, H.M. / Baker, E.N. / Jameson, G.B.
#3: ジャーナル: Febs Lett. / 年: 1998
タイトル: 12-Bromododecanoic acid binds inside the calyx of bovine beta-lactoglobulin
著者: Qin, B.Y. / Creamer, L.K. / Baker, E.N. / Jameson, G.B.
履歴
登録2005年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2005年8月16日ID: 1MFH
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactoglobulin variant A
B: Beta-lactoglobulin variant A
C: Beta-lactoglobulin variant A
D: Beta-lactoglobulin variant A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5494
ポリマ－73,5494
非ポリマー00
水1,22568
1
A: Beta-lactoglobulin variant A
B: Beta-lactoglobulin variant A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7752
ポリマ－36,7752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Beta-lactoglobulin variant A

C: Beta-lactoglobulin variant A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7752
ポリマ－36,7752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x+1/2,-y+3/2,-z1
3
D: Beta-lactoglobulin variant A

D: Beta-lactoglobulin variant A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7752
ポリマ－36,7752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x+1/2,-y+3/2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)68.191, 68.231, 131.455
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactoglobulin variant A / Beta-LG / Allergen Bos d 5


分子量: 18387.264 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: MAMMARY GLAND / 参照: UniProt: P02754
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細IN THE SWISS-PROT ENTRY, THE 64TH RESIDUE IS GLY, THE 118TH IS ALA. IN VARIANT A, THE 64TH IS ASP ...IN THE SWISS-PROT ENTRY, THE 64TH RESIDUE IS GLY, THE 118TH IS ALA. IN VARIANT A, THE 64TH IS ASP AND THE 118TH IS VAL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: microdialysis / pH: 5.2
詳細: Ultra pure water, pH 5.20, MICRODIALYSIS, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年2月15日
放射モノクロメーター: AXCO P50 FOCUSSING CAPILLARY / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 12501 / Num. obs: 12501 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1162 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BEB

1beb


解像度: 3→10 Å / Num. parameters: 19369 / Num. restraintsaints: 35963 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: This entry is a revision of 1mfh, taking into account 2 the effects of twinning. The twin law is (0 1 0/1 0 0/0 0 -1) R 3 is 0.325. Essentially addition of one parameter for twinning 4 ...詳細: This entry is a revision of 1mfh, taking into account 2 the effects of twinning. The twin law is (0 1 0/1 0 0/0 0 -1) R 3 is 0.325. Essentially addition of one parameter for twinning 4 reduced R(working) from 0.293 to 0.224 and R(free) from 0.316 5 to 0.266. About torsion angles outside the expected ramachandran regions, TYR 99 is the central residue of a gamma turn characteristic of beta-lactoglobulins. ALA 34 is part of the dimer interface.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2657 605 5 %RANDOM
Rwork0.2241 ---
all0.2262 12501 --
obs0.2143 10510 92.6 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 7 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 5017.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4987 0 0 68 5055
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.07
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
LS精密化 シェル解像度: 3→3 Å /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.272 --
obs-1162 49.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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