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万見
- PDB-4nlj: Crystal structure of sheep beta-lactoglobulin (space group P1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nlj
タイトルCrystal structure of sheep beta-lactoglobulin (space group P1)
要素Beta-lactoglobulin-1/B
キーワードTRANSPORT PROTEIN / lipocalin / transport / milk
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactoglobulin-1/B
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Loch, J.I. / Molenda, M. / Kopec, M. / Swiatek, S. / Lewinski, K.
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2014
タイトル: Structure of two crystal forms of sheep beta-lactoglobulin with EF-loop in closed conformation
著者: Loch, J.I. / Molenda, M. / Kopec, M. / Swiatek, S. / Lewinski, K.
履歴
登録2013年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22014年12月10日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactoglobulin-1/B
B: Beta-lactoglobulin-1/B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8757
ポリマ－36,3942
非ポリマー4805
水6,954386
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area15260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.18, 47.54, 50.24
Angle α, β, γ (deg.)70.40, 76.56, 72.10
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactoglobulin-1/B / Beta-LG


分子量: 18197.113 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-180 / 変異: H20Y / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: P67976
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE ORIGINAL NUMBERs OF HOHs HAVE BEEN RENUMBERED. ORIGINAL RENUMBERED HOH(204, CHAIN B) HOH(201, ...THE ORIGINAL NUMBERs OF HOHs HAVE BEEN RENUMBERED. ORIGINAL RENUMBERED HOH(204, CHAIN B) HOH(201, CHAIN B). HOH(205, CHAIN B) HOH(202, CHAIN B). HOH(206, CHAIN B) HOH(203, CHAIN B). HOH(201, CHAIN A) HOH(204, CHAIN B).
配列の詳細THESE CONFLICTS ARE DUE TO NATURAL VARIANT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.1M ammonium sulphate, 0.05M Tris-HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月9日
放射モノクロメーター: Multilayer X-ray optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→14.54 Å / Num. all: 58464 / Num. obs: 56652 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 11292 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrysalisProデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
CrysalisProデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QG5

1qg5


解像度: 1.4→14.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.29 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21788 2852 5 %RANDOM
Rwork0.18778 ---
all0.18931 56643 --
obs-53791 96.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.826 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→14.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2516 0 25 386 2927
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5421.9954001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3535389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.3826.935124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.91515570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.093156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.841.2141442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4151.8191846
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3371.4061468
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.03311.6174834
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 193 -
Rwork0.271 3832 -
obs--93.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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