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- PDB-2ak3: THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN MITOCHONDR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ak3
タイトルTHE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN MITOCHONDRIAL MATRIX ADENYLATE KINASE AND ITS SUBSTRATE AMP AT 1.85 ANGSTROMS RESOLUTION
要素ADENYLATE KINASE ISOENZYME-3
キーワードTRANSFERASE (PHOSPHOTRANSFERASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


ITP metabolic process / nucleoside-triphosphate-adenylate kinase / nucleoside triphosphate adenylate kinase activity / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / adenylate kinase activity / GTP metabolic process / mitochondrial matrix ...ITP metabolic process / nucleoside-triphosphate-adenylate kinase / nucleoside triphosphate adenylate kinase activity / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / adenylate kinase activity / GTP metabolic process / mitochondrial matrix / GTP binding / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase 3/4, mitochondrial / Adenylate kinase, active site lid domain superfamily / Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Adenylate kinase 3/4, mitochondrial / Adenylate kinase, active site lid domain superfamily / Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / GTP:AMP phosphotransferase AK3, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Diederichs, K. / Schulz, G.E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: The refined structure of the complex between adenylate kinase from beef heart mitochondrial matrix and its substrate AMP at 1.85 A resolution.
著者: Diederichs, K. / Schulz, G.E.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: The Three-Dimensional Structure of the Complex between Mitochondrial Matrix Adenylate Kinase and its Substrate AMP
著者: Diederichs, K. / Schulz, G.E.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Induced-Fit Movements in Adenylate Kinase
著者: Schulz, G.E. / Muller, C.W. / Diederichs, K.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Cloning and Characterization of Cdna for Mitochondrial GTP:AMP Phosphotransferase of Bovine Liver
著者: Yamada, M. / Shahjahan, M. / Tanabe, T. / Kishi, F. / Nakazawa, A.
#4: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1986
タイトル: The Complete Primary Structure of GTP:AMP Phosphotransferase from Beef Heart Mitochondria
著者: Tomasselli, A.G. / Frank, R. / Schiltz, E.
#5: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1984
タイトル: The Amino Acid Sequence of GTP:AMP Phosphotransferase from Beef-Heart Mitochondria: Extensive Homology with Cytosolic Adenylate Kinase
著者: Wieland, B. / Tomasselli, A.G. / Noda, L.H. / Frank, R. / Schulz, G.E.
#6: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1979
タイトル: Mitochondrial GTP-AMP Phosphotransferase: 1. Purification and Properties
著者: Tomasselli, A.G. / Schirmer, R.H. / Noda, L.H.
#7: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1979
タイトル: Mitochondrial GTP-AMP Phosphotransferase: 2. Kinetic and Equilibrium Dialysis Studies
著者: Tomasselli, A.G. / Noda, L.H.
履歴
登録1995年3月7日処理サイト: BNL
置き換え1995年5月8日ID: 1AK3
改定 1.01995年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENYLATE KINASE ISOENZYME-3
B: ADENYLATE KINASE ISOENZYME-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0376
ポリマ－51,1512
非ポリマー8874
水6,864381
1
A: ADENYLATE KINASE ISOENZYME-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0193
ポリマ－25,5751
非ポリマー4432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ADENYLATE KINASE ISOENZYME-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0193
ポリマ－25,5751
非ポリマー4432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.830, 66.990, 155.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.985, 0.031, 0.171), (-0.002, 0.985, -0.171), (-0.174, 0.168, 0.97)
ベクター: 27.25, 10.96, -45)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD M1 A 0 - A 219 B 0 - B 219 1.508

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要素

#1: タンパク質 ADENYLATE KINASE ISOENZYME-3


分子量: 25575.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ)
参照: UniProt: P08760, nucleoside-triphosphate-adenylate kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlenzyme1drop
275 mMMOPS1drop
31 mMEDTA1drop
40.1 %1dropNaN3
53 mMAMP1drop
612 %(w/v)PEG80001drop
716 %(w/v)PEG80001reservoir
875 mMMOPS1reservoir

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データ収集

反射最高解像度: 1.85 Å / Num. obs: 42879 / % possible obs: 94.5 %
反射
*PLUS
最低解像度: 9999 Å / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.85→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.189 --
obs0.189 42519 94.4 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3560 0 56 381 3997
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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