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- PDB-2ahg: Unsaturated glucuronyl hydrolase mutant D88N with dGlcA-GalNAc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ahg
タイトルUnsaturated glucuronyl hydrolase mutant D88N with dGlcA-GalNAc
要素unsaturated glucuronyl hydrolase
キーワードHYDROLASE / alpha6/alpha6 barrel / glycoside hydrolase family 88 / complex with unsaturated chondroitin disaccharide
機能・相同性
機能・相同性情報


gellan tetrasaccharide unsaturated glucuronosyl hydrolase / chondroitin hydrolase activity / polysaccharide catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl hydrolase, family 88 / Glycosyl Hydrolase Family 88 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
UNSATURATED CHONDROITIN DISACCHARIDE / Unsaturated glucuronyl hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Itoh, T. / Hashimoto, W. / Mikami, B. / Murata, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Unsaturated Glucuronyl Hydrolase Complexed with Substrate: MOLECULAR INSIGHTS INTO ITS CATALYTIC REACTION MECHANISM
著者: Itoh, T. / Hashimoto, W. / Mikami, B. / Murata, K.
履歴
登録2005年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: unsaturated glucuronyl hydrolase
B: unsaturated glucuronyl hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5854
ポリマ－85,8272
非ポリマー7592
水13,799766
1
A: unsaturated glucuronyl hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2932
ポリマ－42,9131
非ポリマー3791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: unsaturated glucuronyl hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2932
ポリマ－42,9131
非ポリマー3791
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.855, 95.041, 95.433
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 unsaturated glucuronyl hydrolase


分子量: 42913.367 Da / 分子数: 2 / 変異: D88N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: GL1 / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9RC92, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 多糖 4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / UNSATURATED CHONDROITIN DISACCHARIDE


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 379.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with ring modification on monosaccharide components
参照: UNSATURATED CHONDROITIN DISACCHARIDE
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a21eEA-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-4-deoxy-GlcpA]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 766 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: PEG10000, tris, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 58182 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 310585 / Biso Wilson estimate: 10.1 Å2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 67.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→14.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2825270.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 5900 10.2 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.184 58009 91.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.4064 Å2 / ksol: 0.377896 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.85 Å20 Å20 Å2
2--1.9 Å20 Å2
3----4.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→14.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6070 0 52 766 6888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.212.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 759 10.2 %
Rwork0.275 6706 -
obs--71.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3dgc4_nga_par.txtdgc4_nga_top.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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