PDB-2ag3: Heterocyclic Peptide Backbone Modification in Gcn4-pLI Based Coil...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ag3

タイトル

Heterocyclic Peptide Backbone Modification in Gcn4-pLI Based Coiled Coils: Substitution of the K(15)-L(16) amide with a triazole

要素

GCN4-pLI

キーワード

DE NOVO PROTEIN / triazole / backbone modification

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Horne, W.S. / Ghadiri, M.R.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Copper-Catalyzed Azide-Alkyne Cycloaddition as a Non-native Ligation Strategy toward Backbone-Modified Peptides
著者: Horne, W.S. / Ghadiri, M.R.

履歴

登録	2005年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.0	2018年3月7日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / refine / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _refine.B_iso_mean / _refine.details / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_number_reflns_all / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _reflns.number_all / _reflns.pdbx_chi_squared / _reflns.pdbx_scaling_rejects / _reflns.percent_possible_obs / _reflns_shell.number_measured_obs / _reflns_shell.pdbx_chi_squared / _reflns_shell.percent_possible_obs / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ag3.cif.gz	14.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ag3.ent.gz	10.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ag3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ag3_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ag3_full_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示
XML形式データ	2ag3_validation.xml.gz	4.2 KB	表示
CIF形式データ	2ag3_validation.cif.gz	4.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/2ag3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/2ag3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u9f 1u9g 1u9h
類似構造データ	3mnm-3 3k79-1 1f4m-2 3fxe-d 2p32-2 2iji-1 2ijh-2 1f4m-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GCN4-pLI

4.07 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GCN4-pLI

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.138, 35.138, 47.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

#1: タンパク質・ペプチド	GCN4-pLI 分子量: 4069.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: synthesized by copper-catalyzed ligation of azide and alkyne peptide fragments
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.96 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1M M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月17日 / 詳細: osmic confocal mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→35.14 Å / Num. obs: 2270 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.05 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / R_merge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
d*TREK	8.0SSI	データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→35.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 9.86 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.306	101	4.4 %	RANDOM
R_work	0.245	-	-	-
obs	0.248	2270	99.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→35.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	213	0	0	22	235

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.041	0.022	215
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	220
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.612	2.094	288
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.351	3	509
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	16.766	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.734	25	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.735	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.762	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.245	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	214
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	184
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.198	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.133	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.303	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.151	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.135	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.359	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.744	1.5	143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.52	1.5	53
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.473	2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.233	3	95
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.53	4.5	86
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.396	11	-
R_work	0.339	153	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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