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- PDB-3k79: C38A, C52V Cysteine-Free Variant of Rop (Rom) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k79
タイトルC38A, C52V Cysteine-Free Variant of Rop (Rom)
要素Regulatory protein rop
キーワードTRANSCRIPTION / hairpin / four-helix bundle / cysteine-free / Plasmid / Transcription regulation
機能・相同性Helix Hairpins - #230 / Regulatory protein Rop / Rop-like superfamily / Rop protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Regulatory protein rop
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Hari, S.B. / Magliery, T.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Cysteine-free Rop: a four-helix bundle core mutant has wild-type stability and structure but dramatically different unfolding kinetics.
著者: Hari, S.B. / Byeon, C. / Lavinder, J.J. / Magliery, T.J.
履歴
登録2009年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein rop


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1271
ポリマ－7,1271
非ポリマー00
水1,24369
1
A: Regulatory protein rop

A: Regulatory protein rop


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2542
ポリマ－14,2542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area2720 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area6270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.664, 40.304, 31.666
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-75-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein rop / RNA one modulator / ROM


分子量: 7126.818 Da / 分子数: 1 / 変異: C38A, C52V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rop / プラスミド: pMR101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03051
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25-30% methanol, 100 mM MES, 300 mM NaCl, 10% glycerol, pH 5.7-5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
PH範囲: 5.7-5.9

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→29.63 Å / Num. obs: 2675 / % possible obs: 66.1 % / 冗長度: 7.26 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 47.4 / Scaling rejects: 147
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.96-2.034.650.1679.3145310.927.7
2.03-2.115.740.15911.5419730.9917.8
2.11-2.26.60.12413.57791180.8430.9
2.2-2.327.030.1116.612801820.8643.2
2.32-2.467.040.07922.620652920.8374.5
2.46-2.657.520.0630.529293880.8895.6
2.65-2.927.60.03741.629213830.7496
2.92-3.347.580.02855.630944060.997.1
3.34-4.217.390.02667.328673831.1297.2
4.21-29.637.150.02188.130594191.3898.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 39.53 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.63 Å
Translation2.5 Å29.63 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.9Lデータスケーリング
PHASER2.1.1位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ROP

1rop


解像度: 1.96→29.63 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.768 / SU ML: 0.31 / σ(F): 2.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 242 4.72 %
Rwork0.163 --
obs0.167 2675 65.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.655 Å2 / ksol: 0.459 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 71.5 Å2 / Biso mean: 26.236 Å2 / Biso min: 11.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.242 Å2-0 Å2-3.651 Å2
2--2.252 Å2-0 Å2
3----2.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数454 0 0 69 523
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013907
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0881635
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08571
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.098232
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.96-2.4640.34660.181272133834
2.464-29.630.2341760.1583613378997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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