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万見
- PDB-2ijk: Structure of a Rom protein dimer at 1.55 angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ijk
タイトルStructure of a Rom protein dimer at 1.55 angstrom resolution
要素Regulatory protein rop
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Rom / Rop / ColE1 plasmid copy control
機能・相同性Helix Hairpins - #230 / Regulatory protein Rop / Rop-like superfamily / Rop protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Regulatory protein rop
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Struble, E.B.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: New crystal structures of ColE1 Rom and variants resulting from mutation of a surface exposed residue: Implications for RNA-recognition.
著者: Struble, E.B. / Ladner, J.E. / Brabazon, D.M. / Marino, J.P.
履歴
登録2006年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein rop
B: Regulatory protein rop


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3262
ポリマ－14,3262
非ポリマー00
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area6340 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)98.391, 39.364, 27.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein rop / RNA one modulator / ROM


分子量: 7162.896 Da / 分子数: 2 / 変異: M1G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rop / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P03051
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.49 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Hanging drop contained 1 uL protein/RNA mixture (0.3 0.4 mM complex) and 1 uL well buffer (50 mM sodium cacodylate pH 6.0, 0.1 M potassium chloride, 25 mM magnesium chloride, and 15% ...詳細: Hanging drop contained 1 uL protein/RNA mixture (0.3 0.4 mM complex) and 1 uL well buffer (50 mM sodium cacodylate pH 6.0, 0.1 M potassium chloride, 25 mM magnesium chloride, and 15% isopropanol)., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月2日 / 詳細: Blue Max-flux confocal mirrors
放射モノクロメーター: confocal mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→100 Å / Num. obs: 14338 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 913 / % possible all: 60.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER1.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ROP

1rop


解像度: 1.55→48.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 3.494 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21616 729 5.1 %RANDOM
Rwork0.16942 ---
obs0.17181 13607 94.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.462 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å20.07 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→48.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数912 0 0 165 1077
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021920
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3871.9661237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3045113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.6682552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.1715170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.05158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2562
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2160.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2560.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4551.5591
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1052904
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3353362
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7944.5333
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.9373953
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.8193165
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.2413912
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.509 17 -
Rwork0.368 638 -
obs--57.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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