[日本語] English
万見
- PDB-2afe: Solution Structure of Asl1650, an Acyl Carrier Protein from Anaba... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2afe
タイトルSolution Structure of Asl1650, an Acyl Carrier Protein from Anabaena sp. PCC 7120 with a Variant Phosphopantetheinylation-Site Sequence
要素protein Asl1650
キーワードLIGAND BINDING PROTEIN (リガンド) / twisted antiparallel helical bundle / acyl carrier protein family / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopantetheine binding
類似検索 - 分子機能
ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Johnson, M.A. / Peti, W. / Herrmann, T. / Wilson, I.A. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006
タイトル: Solution structure of Asl1650, an acyl carrier protein from Anabaena sp. PCC 7120 with a variant phosphopantetheinylation-site sequence
著者: Johnson, M.A. / Peti, W. / Herrmann, T. / Wilson, I.A. / Wuthrich, K.
履歴
登録2005年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: protein Asl1650


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0881
ポリマ－10,0881
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 100Representative conformer; Conformer with the lowest rmsd to the mean coordinates of the ensemble
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 protein Asl1650


分子量: 10088.395 Da / 分子数: 1 / 変異: Cys10Ala / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 解説: synonym Nostoc sp. PCC 7120 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL (Stratagene) / 参照: UniProt: Q8YWG3

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1332D NOESY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM Asl1650 U-15N,13C; 20mM phosphate buffer, pH 6.0; 250 mM NaCl; 2mM NaN390% H2O/10% D2O
22mM Asl1650 U-15N; 20mM phosphate buffer, pH 6.0; 250 mM NaCl; 2mM NaN390% H2O/10% D2O
32mM Asl1650; 20mM phosphate buffer, pH 6.0; 250mM NaCl; 2mM NaN399% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1250 mM NaCl 6.0 ambient 303 K
2250 mM NaCl 6.0 ambient 303 K
3250 mM NaCl 6.0 ambient 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ATNOS1Herrmann T, Guntert P, Wuthrich K構造決定
CANDID1Herrmann T, Guntert P, Wuthrich K構造決定
DYANA6.01Guntert P, Mumenthaler C, Wuthrich K構造決定
OPALp1Luginbuhl P, Guntert P, Billeter M, Wuthrich K精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: automated NOESY peak picking, automated NOE assignment
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Representative conformer; Conformer with the lowest rmsd to the mean coordinates of the ensemble
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る