PDB-2af5: 2.5A X-ray Structure of Engineered OspA protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2af5

タイトル

2.5A X-ray Structure of Engineered OspA protein

要素

Engineered Outer Surface Protein A (OspA) with the inserted two beta-hairpins

キーワード

De Novo Protein / Immune System / SINGLE-LAYER BETA-SHEET / BETA-HAIRPIN / REPEAT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane / cell surface / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Borrelia burgdorferi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Makabe, K. / Mcelheny, D. / Tereshko, V. / Hilyard, A. / Koide, A. / Koide, S.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Atomic structures of peptide self-assembly mimics.
著者: Makabe, K. / McElheny, D. / Tereshko, V. / Hilyard, A. / Gawlak, G. / Yan, S. / Koide, A. / Koide, S.

履歴

登録	2005年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年8月16日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2af5.cif.gz	69 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2af5.ent.gz	50.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2af5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/2af5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/2af5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fkgC 2fkjC 2hkdC 1ospS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5x00-1 5svz-d 5x8n-d 5ctt-d 6bw0-d 3zio-d 4mz5-d 6bw1-d 6mjl-d 7l04-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#70 - 2005年10月
人工設計タンパク質 (Designer Proteins)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Engineered Outer Surface Protein A (OspA) with the inserted two beta-hairpins

32.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.547, 55.330, 70.361
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Engineered Outer Surface Protein A (OspA) with the inserted two beta-hairpins 分子量: 32292.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア) 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14013, UniProt: P0CL66*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Engineered Outer Surface Protein A (OspA) with the inserted two beta-hairpins

分子量: 32292.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Borrelia burgdorferi (バクテリア)
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14013, UniProt: P0CL66*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月15日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 11367 / Num. obs: 14271 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 61.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 9.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.9999	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OSP

1osp

解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 26.244 / SU ML: 0.255 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.631 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27556	1287	10.2 %	RANDOM
R_work	0.24237	-	-	-
all	0.24572	11367	-	-
obs	0.24572	11367	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.892 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.94 Å²	0 Å²	-2.61 Å²
2-	-	-6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2223	0	0	52	2275

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2053
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.481	1.989	2988
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.952	3	4877
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.229	5	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.03	27.831	83
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.176	15	486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.65	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	362
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	351
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	381
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.251	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.234	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.143	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.562	1.5	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.329	1.5	607
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.945	2	2323
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.291	3	895
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.718	4.5	665
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.447	86
R_work	0.363	837

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.06	-0.4485	0.1434	3.5089	-1.4472	1.2446	0.0384	-0.0274	0.2519	-0.1356	-0.076	-0.1835	0.3599	0.0903	0.0376	-0.0953	0.0236	-0.016	0.0261	0.0292	-0.0712	18.4038	-30.9439	24.5294
2	2.0049	1.3619	0.525	5.7077	0.3792	1.9999	-0.0465	0.0223	0.0476	-0.9215	0.1451	-0.3346	-0.2826	0.2522	-0.0986	-0.229	-0.0305	0.112	0.0636	-0.0223	-0.0827	14.2921	8.7544	8.2603

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	28 - 218	6 - 196
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	B	401 - 436
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	219 - 319	197 - 297
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	B	437 - 452

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)