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- PDB-2ado: Crystal Structure Of The Brct Repeat Region From The Mediator of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ado
タイトルCrystal Structure Of The Brct Repeat Region From The Mediator of DNA damage checkpoint protein 1, MDC1
要素Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
キーワードCELL CYCLE / BRCT repeats
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication checkpoint signaling / chromatin-protein adaptor activity / protein localization to site of double-strand break / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / histone reader activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks ...DNA replication checkpoint signaling / chromatin-protein adaptor activity / protein localization to site of double-strand break / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / histone reader activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / chromosome / nuclear body / focal adhesion / DNA repair / DNA damage response / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain / BRCT domain / BRCT domain / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / BRCT domain profile. ...: / Regulator of Ty1 transposition protein 107 BRCT domain / BRCT domain / BRCT domain / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Lee, M.S. / Edwards, R.A. / Thede, G.L. / Glover, J.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structure of the BRCT Repeat Domain of MDC1 and Its Specificity for the Free COOH-terminal End of the {gamma}-H2AX Histone Tail.
著者: Lee, M.S. / Edwards, R.A. / Thede, G.L. / Glover, J.N.
履歴
登録2005年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mediator of DNA damage checkpoint protein 1
B: Mediator of DNA damage checkpoint protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0202
ポリマ－43,0202
非ポリマー00
水4,612256
1
A: Mediator of DNA damage checkpoint protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5101
ポリマ－21,5101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mediator of DNA damage checkpoint protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5101
ポリマ－21,5101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.051, 44.440, 61.942
Angle α, β, γ (deg.)72.95, 87.54, 61.80
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Mediator of DNA damage checkpoint protein 1 / Nuclear factor with BRCT domains 1


分子量: 21509.957 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 1891-2086 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDC1, KIAA0170, NFBD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Gold99 / 参照: UniProt: Q14676
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.244.3
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2981蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8PEG 8000, HEPES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
2982蒸気拡散法, ハンギングドロップ法4.2Sodium dihydrogen orthophosphate, Potassium phosphate dibasic, Sodium citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159,0.9795471,1.019876
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月29日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11591
20.97954711
31.0198761
Reflection

D res high: 2.7 Å / D res low: 100 Å

冗長度 (%)ID数Rmerge(I) obsΧ2% possible obs
3.11406990.1080.85895.5
6.52202080.1130.91798.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.8210094.510.0530.9333.2
4.625.8296.910.0580.8393.2
4.034.6297.210.0610.8683.2
3.664.039710.0850.9033.2
3.43.669710.110.9013.1
3.23.496.710.160.8763.2
3.043.296.610.240.8443.2
2.913.0496.610.3110.8343.2
2.82.9196.110.4110.7953.1
2.72.886.210.5220.7612.8
5.8210099.120.0620.9586.4
4.625.8299.520.0610.956.6
4.034.6299.320.0610.9456.6
3.664.039920.0840.9426.6
3.43.6698.820.1010.9516.6
3.23.498.720.140.9416.7
3.043.298.620.2060.9146.6
2.913.0498.520.2740.8696.7
2.82.9198.320.3320.8466.6
2.72.894.120.4460.8375.7
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. all: 116808 / Num. obs: 60634 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.021
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / % possible obs: 75.9 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Num. measured obs: 5061 / Χ2: 0.824 / % possible all: 75.9

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
Phasing MADD res high: 2.7 Å / D res low: 100 Å / FOM : 0.35 / 反射: 19939
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
12 wavelength10.979512.76-8.13
12 wavelength21.01994.52-2.84
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se14.140.9930.9940.9970.705
2Se16.4130.0180.1090.3420.613
3Se600.4970.9960.4960.804
4Se600.5250.0920.8450.837
5Se40.8280.3980.9540.0080.806
6Se600.9050.9540.5130.928
7Se51.190.3030.1450.641.266
8Se45.4440.0750.0620.240.675
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
9.83-1000.57891
6.17-9.830.531647
4.81-6.170.512093
4.07-4.810.462516
3.6-4.070.42810
3.25-3.60.33109
2.99-3.250.223382
2.79-2.990.163491
Phasing dmFOM : 0.65 / FOM acentric: 0.65 / FOM centric: 0 / 反射: 19940 / Reflection acentric: 19940 / Reflection centric: 0
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentric反射Reflection acentric
7.7-29.5580.770.77859859
4.8-7.70.760.7626812681
3.9-4.80.790.7933703370
3.4-3.90.760.7634333433
2.9-3.40.570.5760096009
2.7-2.90.410.4135883588

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE2.08位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 2991 4.5 %RANDOM
Rwork0.195 ---
all-60634 --
obs-60499 90.9 %-
溶媒の処理Bsol: 47.048 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 12.628 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.669 Å20.131 Å2-0.444 Å2
2--0.796 Å20.876 Å2
3----1.465 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2999 0 0 256 3255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.5 Å /
反射数%反射
obs5061 75.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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