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- PDB-4kun: Crystal structure of Legionella pneumophila Lpp1115 / KaiB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kun
タイトルCrystal structure of Legionella pneumophila Lpp1115 / KaiB
要素Hypothetical protein Lpp1115
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology / Alpha and beta proteins (a/b) / thioredoxin fold
機能・相同性Glutaredoxin / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Petit, P. / Stogios, P.J. / Stein, A. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Daniels, C. / Di Leo, R. / Buchrieser, C. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Environ Microbiol / 年: 2014
タイトル: The Legionella pneumophila kai operon is implicated in stress response and confers fitness in competitive environments.
著者: Loza-Correa, M. / Sahr, T. / Rolando, M. / Daniels, C. / Petit, P. / Skarina, T. / Gomez Valero, L. / Dervins-Ravault, D. / Honore, N. / Savchenko, A. / Buchrieser, C.
履歴
登録2013年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Structure summary
改定 1.22013年10月23日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32014年10月8日Group: Database references
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein Lpp1115
B: Hypothetical protein Lpp1115


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3382
ポリマ－20,3382
非ポリマー00
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.830, 46.050, 45.079
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein Lpp1115


分子量: 10168.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
株: Paris / 遺伝子: lpp1115 / プラスミド: p15Tv-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q5X655
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M bis-Tris pH 6.5, 35% w/v PEG 8K, 1 mM zinc acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.2828144 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2828144 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→29.91 Å / Num. obs: 11748 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 1686 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→27.379 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2467 557 4.75 %random
Rwork0.1906 ---
obs0.1935 11730 98.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.379 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1396 0 0 150 1546
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8011883
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.066569
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003235
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9501-2.14620.28691480.22982724X-RAY DIFFRACTION98
2.1462-2.45660.30531350.22532780X-RAY DIFFRACTION99
2.4566-3.09440.22821390.21762802X-RAY DIFFRACTION99
3.0944-27.38130.22911350.16192867X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.83141.4875-1.76129.2313-2.35665.2230.1448-0.00230.2851-0.4235-0.062-0.3346-0.16370.3789-0.04530.1637-0.05850.03850.2772-0.01840.121714.030428.7188-0.2893
23.88920.222-0.39965.79150.21387.15190.4832-0.26670.2920.1448-0.405-0.1876-0.50170.1475-0.0290.2142-0.12560.03420.3105-0.05670.158110.735131.76846.4853
33.816-0.2235-0.55043.3350.36998.2483-0.0278-0.107-0.23580.0682-0.1073-0.07960.52920.86180.15840.17340.042-0.03350.21380.02620.13382.857115.077925.7747
41.85163.02643.17777.33965.40277.4378-0.1921-0.14710.08860.15110.03810.63150.0303-0.18080.15860.14160.0496-0.0120.21620.00820.1571-7.214215.844224.5394
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resi 0:34
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resi 35:90
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resi 1:64
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resi 65:90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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