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万見
- PDB-2abk: REFINEMENT OF THE NATIVE STRUCTURE OF ENDONUCLEASE III TO A RESOL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2abk
タイトルREFINEMENT OF THE NATIVE STRUCTURE OF ENDONUCLEASE III TO A RESOLUTION OF 1.85 ANGSTROM
要素ENDONUCLEASE III
キーワードENDONUCLEASE / DNA-REPAIR / DNA GLYCOSYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidized pyrimidine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / base-excision repair, AP site formation / DNA N-glycosylase activity / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / cellular response to UV / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...oxidized pyrimidine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / base-excision repair, AP site formation / DNA N-glycosylase activity / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / cellular response to UV / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease III / Endonuclease III, iron-sulphur binding site / Endonuclease III-like, conserved site-2 / Endonuclease III iron-sulfur binding region signature. / Endonuclease III family signature. / Iron-sulfur binding domain of endonuclease III / Helix-hairpin-helix motif / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-helix motif ...Endonuclease III / Endonuclease III, iron-sulphur binding site / Endonuclease III-like, conserved site-2 / Endonuclease III iron-sulfur binding region signature. / Endonuclease III family signature. / Iron-sulfur binding domain of endonuclease III / Helix-hairpin-helix motif / Endonuclease III-like, iron-sulphur cluster loop motif / FES / Helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Endonuclease III
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Thayer, M.M. / Tainer, J.A.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1995
タイトル: Novel DNA binding motifs in the DNA repair enzyme endonuclease III crystal structure.
著者: Thayer, M.M. / Ahern, H. / Xing, D. / Cunningham, R.P. / Tainer, J.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystallization and Crystallographic Characterization of the Iron-Sulfur Containing DNA-Repair Enzyme Endonuclease III from Escherichia Coli Enzyme Endonuclease III
著者: Kuo, C.-F. / Mcree, D.E. / Cunningham, R.P. / Tainer, J.A.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: Atomic Structure of the DNA Repair [4Fe-4S] Enzyme Endonuclease III
著者: Kuo, C.-F. / Mcree, D.E. / Fisher, C.L. / Handley, S. / Cunningham, R.P. / Tainer, J.A.
履歴
登録1995年5月11日処理サイト: BNL
置き換え1995年10月15日ID: 1ABK
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: KABSCH AND SANDER AS IMPLEMENTED BY PROCHECK FOLLOWED BY VISUAL ...HELIX DETERMINATION METHOD: KABSCH AND SANDER AS IMPLEMENTED BY PROCHECK FOLLOWED BY VISUAL INSPECTION OF MODEL. TURN KABSCH AND SANDER IN PROCHECK TURN_ID: FG, HAIRPIN OF HELIX HAIRPIN HELIX MOTIF.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDONUCLEASE III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9472
ポリマ－23,5951
非ポリマー3521
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.500, 65.800, 86.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ENDONUCLEASE III


分子量: 23595.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: UC 6444 DELTA NTH
参照: UniProt: P0AB83, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.07 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mMHEPES11
2150 mM11NaCl
35 %glycerol11

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年5月18日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 27787 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.07
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3モデル構築
X-PLOR3精密化
XENGENデータ削減
X-PLOR3位相決定
精密化解像度: 1.85→10 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 -10 %
Rwork0.185 --
obs0.185 26043 93.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 23.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1667 0 8 123 1798
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.16
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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