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万見
- PDB-2a9h: NMR structural studies of a potassium channel / charybdotoxin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a9h
タイトルNMR structural studies of a potassium channel / charybdotoxin complex
要素
  • Voltage-gated potassium channel
  • charybdotoxin
キーワードMETAL TRANSPORT / membrane protein / Potassium channel / KcsA
機能・相同性
機能・相同性情報


ion channel inhibitor activity / action potential / voltage-gated potassium channel activity / defense response to fungus / potassium channel regulator activity / voltage-gated potassium channel complex / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Voltage-gated potassium channel / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
pH-gated potassium channel KcsA / Potassium channel toxin alpha-KTx 1.1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular SIMULATED ANNEALING, dynamics, docking
Model type detailsminimized average
データ登録者Yu, L. / Sun, C. / Song, D. / Shen, J. / Xu, N. / Gunasekera, A. / Hajduk, P.J. / Olejniczak, E.T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Nuclear magnetic resonance structural studies of a potassium channel-charybdotoxin complex.
著者: Yu, L. / Sun, C. / Song, D. / Shen, J. / Xu, N. / Gunasekera, A. / Hajduk, P.J. / Olejniczak, E.T.
履歴
登録2005年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_assembly ...entity_poly / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated potassium channel
B: Voltage-gated potassium channel
C: Voltage-gated potassium channel
D: Voltage-gated potassium channel
E: charybdotoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1805
ポリマ－71,1805
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルminimized average structure

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要素

#1: タンパク質
Voltage-gated potassium channel


分子量: 16717.473 Da / 分子数: 4 / 変異: Q58A, T61S, R64D, F103Y, T107F, L110V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
遺伝子: kcsA, skc1 / プラスミド: pIVEX-d2.4d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3) / 参照: UniProt: P0A334
#2: タンパク質・ペプチド charybdotoxin


分子量: 4309.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P13487*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-edited NOESY
1213D-filtered NOESY

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試料調製

詳細内容: 1 mM KcsA, 2H and selectively 13C-methyl labeled in 20 mM sodium phosphate (pH 7.5), 5 mM KCl, 1 mM DTT, and 80 mM foscholine-12, 90% H2O/10% D2O or 100% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O or 100% D2O
試料状態pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 315 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS2002Brunger構造決定
CNS2002Brunger精密化
精密化手法: molecular SIMULATED ANNEALING, dynamics, docking / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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