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万見
- PDB-2a64: Crystal Structure of Bacterial Ribonuclease P RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a64
タイトルCrystal Structure of Bacterial Ribonuclease P RNA
要素ribonuclease P RNA
キーワードHYDROLASE / RNA / ribonuclease / ribozyme
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kazantsev, A.V. / Krivenko, A.A. / Harrington, D.J. / Holbrook, S.R. / Adams, P.D. / Pace, N.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a bacterial ribonuclease P RNA.
著者: Kazantsev, A.V. / Krivenko, A.A. / Harrington, D.J. / Holbrook, S.R. / Adams, P.D. / Pace, N.R.
履歴
登録2005年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ribonuclease P RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,3041
ポリマ－135,3041
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.150, 159.420, 410.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: RNA鎖 ribonuclease P RNA


分子量: 135304.172 Da / 分子数: 1 / 変異: G417C / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is naturally present in Bacillus stearothermophilus (strain 1430R) as gene product of rnpB. The gene was cloned in plasmid pBstHH2, with a mutation G417C. Large quantities were ...詳細: This sequence is naturally present in Bacillus stearothermophilus (strain 1430R) as gene product of rnpB. The gene was cloned in plasmid pBstHH2, with a mutation G417C. Large quantities were produces as run-off transcription in vitro with phage T7 RNA polymerase
参照: GenBank: 143442

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
14.270.7
24.270.7
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: (NH4)2SO4, K2SO4, MgCl2, MPD, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2SO411
2K2SO411
3MgCl211
4MPD11
5(NH4)2SO412
6K2SO412
7MgCl212
8MPD12

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU20011.5418
シンクロトロンSSRL BL9-221.1397, 1.1402, 0.9540
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE2003年7月1日
ADSC QUANTUM 3152CCD2004年7月4日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.13971
31.14021
40.9541
反射解像度: 3.3→500 Å / Num. obs: 35599 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.84 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 5.49 % / Rmerge(I) obs: 0.518 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.3→37.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 28550.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Used maximum likeliehood target using amplitudes and phase probability distribution throughout refinement. R(work), R(free) calculated for this target. R(all), R(observed) calculated for ...詳細: Used maximum likeliehood target using amplitudes and phase probability distribution throughout refinement. R(work), R(free) calculated for this target. R(all), R(observed) calculated for standard crystallographic residual target.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3399 1798 5.1 %RANDOM
Rwork0.3204 ---
all0.3247 37397 --
obs0.3214 35599 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46 Å2 / ksol: 0.1 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 154.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.93 Å20 Å20 Å2
2---10.85 Å20 Å2
3----10.07 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.72 Å0.64 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.71 Å0.76 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→37.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 6383 0 0 6383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d14.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.39
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 191 5.5 %
Rwork0.421 3285 -
obs--96.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1dna-rna.topdna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2NULLNULL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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