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- PDB-2a62: Crystal structure of mouse cadherin-8 EC1-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a62
タイトルCrystal structure of mouse cadherin-8 EC1-3
要素Cadherin-8
キーワードCELL ADHESION / cadherin / extracellular domain / homodimer / calcium binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Adherens junctions interactions / regulation of synapse organization / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / synaptic cleft / axon terminus / response to cold / synaptic transmission, glutamatergic / synaptic membrane / chemical synaptic transmission / calcium ion binding ...Adherens junctions interactions / regulation of synapse organization / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / synaptic cleft / axon terminus / response to cold / synaptic transmission, glutamatergic / synaptic membrane / chemical synaptic transmission / calcium ion binding / glutamatergic synapse / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin / Catenin binding domain superfamily / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Patel, S.D. / Ciatto, C. / Chen, C.P. / Bahna, F. / Arkus, N. / Schieren, I. / Jessell, T.M. / Honig, B. / Price, S.R. / Shapiro, L.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: Type II cadherin ectodomain structures: implications for classical cadherin specificity.
著者: Patel, S.D. / Ciatto, C. / Chen, C.P. / Bahna, F. / Rajebhosale, M. / Arkus, N. / Schieren, I. / Jessell, T.M. / Honig, B. / Price, S.R. / Shapiro, L.
履歴
登録2005年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cadherin-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5417
ポリマ－35,3001
非ポリマー2406
水00
1
A: Cadherin-8
ヘテロ分子

A: Cadherin-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,08214
ポリマ－70,6012
非ポリマー48112
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_337-y-2,-x-2,-z+9/41
単位格子
Length a, b, c (Å)75.818, 75.818, 233.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Cadherin-8


分子量: 35300.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97291
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG 8000, ches, ethylene glycol, calcium chloride, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→20 Å / Num. obs: 4479 / % possible obs: 100 %
反射 シェル解像度: 4.5→4.66 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 180.892 / SU ML: 1.005 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: POORLY DEFINED ELECTRON DENSITY WAS OBSERVED FOR SEVERAL SIDE CHAINS. NEVERTHELESS THEIR INCLUSION LEAD TO BETTER BEHAVIOUR DURING REFINEMENT, ACCORDING TO THE RFREE VALUE, AND THE RFREE/RWORK DIFFERENTIAL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.346 321 7.6 %RANDOM
Rwork0.271 ---
all0.276 ---
obs-4215 95.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 1.4 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 166.369 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.96 Å20 Å20 Å2
2--12.96 Å20 Å2
3----25.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2468 0 6 0 2474
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7861.9673453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.6215321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.84625.739115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.13315418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.518159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021936
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2970.21472
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.21675
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2330.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3220.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.8060.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5380.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2451.51638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.44522613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5073987
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8924.5840
LS精密化 シェル解像度: 4.5→4.736 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 38 -
Rwork0.325 505 -
all-543 -
obs--90.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8630.4537-4.17168.34450.720912.0052-0.61640.1034-0.03510.9899-0.55320.5726-0.0061-2.50021.1696-0.49450.0610.02610.46460.1766-0.2245-78.9166-86.643261.8446
212.04051.8652-12.59682.1168-5.968929.5966-0.04-0.2095-0.3454-0.2632-0.00980.68-0.0484-0.17770.0498-0.71590.0310.011-0.9103-0.0009-0.571-47.0701-83.7868229.4645
39.2523-2.9753-4.8649.370412.844755.2841-0.64480.19070.6518-0.31760.54730.85880.35390.07650.0976-0.5720.0228-0.1093-0.7320.2613-0.418-33.4782-83.7254183.828
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111 - 981 - 98
2299 - 20799 - 207
33208 - 322208 - 322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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