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Yorodumi- PDB-4hre: Crystal Structure of p11/Annexin A2 Heterotetramer in Complex wit... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4hre | ||||||
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| Title | Crystal Structure of p11/Annexin A2 Heterotetramer in Complex with SMARCA3 Peptide | ||||||
Components |
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Keywords | Calcium-binding protein / Calcium Binding / Nucleus | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationDissolution of Fibrin Clot / AnxA2-p11 complex / membrane raft assembly / positive regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / positive regulation of vacuole organization / phospholipase A2 inhibitor activity / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of vesicle fusion / myelin sheath adaxonal region / negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process ...Dissolution of Fibrin Clot / AnxA2-p11 complex / membrane raft assembly / positive regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / positive regulation of vacuole organization / phospholipase A2 inhibitor activity / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of vesicle fusion / myelin sheath adaxonal region / negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / positive regulation of plasma membrane repair / positive regulation of plasminogen activation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / PCSK9-AnxA2 complex / cornified envelope / Schmidt-Lanterman incisure / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / vesicle budding from membrane / plasma membrane protein complex / calcium-dependent phospholipid binding / osteoclast development / negative regulation of receptor internalization / Dissolution of Fibrin Clot / S100 protein binding / collagen fibril organization / epithelial cell apoptotic process / positive regulation of receptor recycling / basement membrane / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of exocytosis / positive regulation of focal adhesion assembly / regulation of neurogenesis / ATP-dependent activity, acting on DNA / cytoskeletal protein binding / fibrinolysis / positive regulation of stress fiber assembly / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / Neutrophil degranulation / lipid droplet / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / lung development / cell-matrix adhesion / response to activity / protein localization to plasma membrane / serine-type endopeptidase inhibitor activity / mRNA transcription by RNA polymerase II / helicase activity / sarcolemma / RING-type E3 ubiquitin transferase / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to facilitate cellular and subcellular movement / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear matrix / calcium-dependent protein binding / ubiquitin protein ligase activity / late endosome membrane / melanosome / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / : / chromatin organization / protease binding / midbody / angiogenesis / basolateral plasma membrane / transmembrane transporter binding / early endosome / cell adhesion / protein ubiquitination / membrane raft / lysosomal membrane / DNA repair / calcium ion binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / cell surface / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7852 Å | ||||||
Authors | Gao, P. / Patel, D.J. | ||||||
Citation | Journal: Cell(Cambridge,Mass.) / Year: 2013Title: SMARCA3, a Chromatin-Remodeling Factor, Is Required for p11-Dependent Antidepressant Action. Authors: Oh, Y.S. / Gao, P. / Lee, K.W. / Ceglia, I. / Seo, J.S. / Zhang, X. / Ahn, J.H. / Chait, B.T. / Patel, D.J. / Kim, Y. / Greengard, P. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4hre.cif.gz | 701.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4hre.ent.gz | 591.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4hre.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4hre_validation.pdf.gz | 539.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4hre_full_validation.pdf.gz | 604.1 KB | Display | |
| Data in XML | 4hre_validation.xml.gz | 62.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 4hre_validation.cif.gz | 85.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/4hre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/4hre | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4hrgC ![]() 4hrhSC ![]() 1w7bS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 38733.227 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 11176.019 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: S100A10, ANX2LG, CAL1L, CLP11 / Production host: ![]() #3: Protein/peptide | Mass: 1806.069 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Details: This sequence occurs naturally in humans. / Source: (synth.) Homo sapiens (human)References: UniProt: Q14527, Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to facilitate cellular and subcellular movement, Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ...References: UniProt: Q14527, Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to facilitate cellular and subcellular movement, Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ligases (peptide synthases) |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.72 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 3.7 Details: 0.1 M citric acid, 25% PEG 3350, pH 3.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K |
-Data collection
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 Å |
|---|---|
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.7852→47.335 Å / Num. all: 50718 / Num. obs: 53292 / % possible obs: 95.17 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 1W7B and 4HRH Resolution: 2.7852→47.335 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.96 / Phase error: 38.34 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.583 Å2 / ksol: 0.303 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters |
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7852→47.335 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Citation












PDBj













