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Yorodumi- PDB-5yei: Mechanistic insight into the regulation of Pseudomonas aeruginosa... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5yei | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Mechanistic insight into the regulation of Pseudomonas aeruginosa aspartate kinase | ||||||
Components | (Aspartokinase) x 2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Pseudomonas aeruginosa / aspartate kinase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationaspartate kinase / aspartate kinase activity / L-homoserine biosynthetic process / L-threonine biosynthetic process / diaminopimelate biosynthetic process / L-lysine biosynthetic process via diaminopimelate / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.301 Å | ||||||
Authors | Li, C. / Yang, M. / Liu, L. / Peng, C. / Li, T. / He, L. / Song, Y. / Zhu, Y. / Bao, R. | ||||||
Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2018Title: Mechanistic insights into the allosteric regulation of Pseudomonas aeruginosa aspartate kinase. Authors: Li, C. / Yang, M. / Liu, L. / Li, T. / Peng, C. / He, L. / Song, Y. / Zhu, Y. / Shen, Y. / Yang, J. / Zhao, N. / Zhao, C. / Zhou, Q. / Li, H. / Kang, M. / Tong, A. / Tang, H. / Bao, R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5yei.cif.gz | 833.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5yei.ent.gz | 697.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5yei.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5yei_validation.pdf.gz | 545.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5yei_full_validation.pdf.gz | 621.4 KB | Display | |
| Data in XML | 5yei_validation.xml.gz | 85.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 5yei_validation.cif.gz | 115.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/5yei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/5yei | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3aawS S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 8 molecules DBFHCGAE
| #1: Protein | Mass: 17750.230 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 249-412 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (bacteria)Strain: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 Gene: lysC, PA0904 / Plasmid: pET-22b (+) / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 44437.629 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (bacteria)Strain: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 Gene: lysC, PA0904 / Plasmid: pET-22b (+) / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 191 molecules 






| #3: Chemical | ChemComp-THR / #4: Chemical | ChemComp-LYS / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.43 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.4 M ammonium sulfate 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 0.9 M lithium sulfate monohydrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.97776 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 11, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97776 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.3→40.9 Å / Num. obs: 106886 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 3.8 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 7.52 |
| Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / Redundancy: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Rsym value: 0.665 / % possible all: 91.8 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3AAW Resolution: 2.301→40.091 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 28.08 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.301→40.091 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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