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- PDB-2a5m: NMR structure of murine gamma-S crystallin from joint refinement ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a5m
タイトルNMR structure of murine gamma-S crystallin from joint refinement with SAXS data
要素Gamma crystallin S
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / SAXS / SMALL-ANGLE X-RAY SCATTERING / ALIGNMENT / DEUTERATION / LIQUID CRYSTAL / PF1 / RDC / RESIDUAL DIPOLAR COUPLING / MOLECULAR FRAGMENT REPLACEMENT / MFR
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / morphogenesis of an epithelium
類似検索 - 分子機能
Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / : / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-crystallin S
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Grishaev, A. / Wu, J. / Trewhella, J. / Bax, A.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005
タイトル: Refinement of Multidomain Protein Structures by Combination of Solution Small-Angle X-ray Scattering and NMR Data.
著者: Grishaev, A. / Wu, J. / Trewhella, J. / Bax, A.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of gamma-S crystallin by molecular fragment replacement NMR
著者: Wu, Z. / Delaglio, F. / Wyatt, K. / Wistow, G. / Bax, A.
履歴
登録2005年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma crystallin S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7471
ポリマ－20,7471
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Gamma crystallin S


分子量: 20747.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crygs / プラスミド: pET17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O35486

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: SAXS data was collected on a home-built instrument using a sealed-source X-ray tube and a one-dimensional position sensitive detector. All NMR restraints were taken from entry 1ZWM.

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試料調製

詳細内容: 0.22 mM gamma-S crystallin, 25 mM imidazole, pH 6.0, 10 mM KCl, 0.04% NaN3, 10 mM DTT, for SAXS data. All NMR conditions as reported for 1ZWM
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 25 mM IMIDAZOLE, 10 mM KCL, 0.04% NaN3 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 291.4 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX600 with PFG cryoprobe / 製造業者: Bruker / モデル: DRX600 with PFG cryoprobe / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: CNS
バージョン: 1.0 with an additional SAXS data fitting module
開発者: BRUNGER,ADAMS,BONVIN,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE-KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARREN
分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Experimental NMR data is the same as those in the PDB deposition 1ZWM. SAXS data over the range q = 0.02 to 0.22 A-1 was fitted by an in-house written CNS module.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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