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- PDB-2a54: fluorescent protein asFP595, A143S, on-state, 1min irradiation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a54
タイトルfluorescent protein asFP595, A143S, on-state, 1min irradiation
要素
  • GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1
  • GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 2
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / asCP / fluorescent protein / chromoprotein / photochromic protein / reversible photoswitch
機能・相同性
機能・相同性情報


Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 - #40 / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595
類似検索 - 構成要素
生物種Anemonia sulcata (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Andresen, M. / Wahl, M.C. / Stiel, A.C. / Graeter, F. / Schaefer, L. / Trowitzsch, S. / Weber, G. / Eggeling, C. / Grubmueller, H. / Hell, S.W. / Jakobs, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Structure and mechanism of the reversible photoswitch of a fluorescent protein
著者: Andresen, M. / Wahl, M.C. / Stiel, A.C. / Graeter, F. / Schaefer, L. / Trowitzsch, S. / Weber, G. / Eggeling, C. / Grubmueller, H. / Hell, S.W. / Jakobs, S.
履歴
登録2005年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1
B: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 2
C: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1
D: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5175
ポリマ－54,4824
非ポリマー351
水10,341574
1
A: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1
B: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 2
C: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1
D: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 2
ヘテロ分子

A: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1
B: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 2
C: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1
D: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,03510
ポリマ－108,9648
非ポリマー712
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area30860 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area31700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.539, 125.946, 93.919
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-123-

HOH

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要素

#1: タンパク質 GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1 / asFP595


分子量: 8067.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anemonia sulcata (イソギンチャク)
プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21CodonPlus / 参照: UniProt: Q9GZ28
#2: タンパク質 GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 2 / asFP595


分子量: 19173.727 Da / 分子数: 2 / Mutation: A143S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anemonia sulcata (イソギンチャク)
プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21CodonPlus / 参照: UniProt: Q9GZ28
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES MET 63, TYR 64 AND GLY 65 AUTOCATALYTICALLY FORM THE CHROMOPHORE NRQ LABELLED AS RESIDUE ...RESIDUES MET 63, TYR 64 AND GLY 65 AUTOCATALYTICALLY FORM THE CHROMOPHORE NRQ LABELLED AS RESIDUE 65 IN THE COORDINATES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: PEG 3350, NaCl, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月22日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. all: 80400 / Num. obs: 77265 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.305 / SU ML: 0.046 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1999 3882 5 %RANDOM
Rwork0.17586 ---
all0.17707 76336 --
obs0.17707 73359 96.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.966 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3637 0 1 574 4212
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223838
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7081.9785196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6495467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.20123.865163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.70715623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8861514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022960
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21730
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22571
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.69422410
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2933739
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.13821686
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.05231449
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.487 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 300 -
Rwork0.22 5176 -
obs--93.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2192-0.0826-0.01060.8601-0.0770.3635-0.02030.0570.0577-0.06670.09570.1663-0.029-0.0583-0.0754-0.0336-0.0105-0.0166-0.00750.0455-0.009726.12944.89214.746
20.6286-0.09380.17571.0293-0.06170.40010.00910.0777-0.1595-0.14560.04070.1560.0633-0.0193-0.0498-0.0197-0.0275-0.0362-0.0346-0.01330.001527.67613.63913.003
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-1 - 6210 - 73
2X-RAY DIFFRACTION1BB65 - 2321 - 168
3X-RAY DIFFRACTION2CC4 - 6215 - 73
4X-RAY DIFFRACTION2DD65 - 2321 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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