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- PDB-2a3v: Structural basis for broad DNA-specificity in integron recombination -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a3v
タイトルStructural basis for broad DNA-specificity in integron recombination
要素
  • DNA (31-MER)
  • DNA (34-MER)
  • site-specific recombinase IntI4
キーワードRECOMBINATION (遺伝的組換え) / Protein-DNA complex (デオキシリボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


site-specific recombinase activity / DNA integration / DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Integrase, integron-type / Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / Integrase, SAM-like, N-terminal / Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A / Phage integrase family / Integrase, catalytic domain / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily ...Integrase, integron-type / Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / Integrase, SAM-like, N-terminal / Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A / Phage integrase family / Integrase, catalytic domain / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Integron integrase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者MacDonald, D. / Demarre, G. / Bouvier, M. / Mazel, D. / Gopaul, D.N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Structural basis for broad DNA-specificity in integron recombination.
著者: MacDonald, D. / Demarre, G. / Bouvier, M. / Mazel, D. / Gopaul, D.N.
履歴
登録2005年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: DNA (31-MER)
F: DNA (34-MER)
G: DNA (31-MER)
H: DNA (34-MER)
A: site-specific recombinase IntI4
B: site-specific recombinase IntI4
C: site-specific recombinase IntI4
D: site-specific recombinase IntI4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,0728
ポリマ－201,0728
非ポリマー00
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.900, 170.200, 209.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細aymmetric unit contains 1 biological assembly

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要素

#1: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 12332.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Sythetic construct
#2: DNA鎖 DNA (34-MER)


分子量: 13208.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Sythetic construct
#3: タンパク質
site-specific recombinase IntI4


分子量: 37497.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 (コレラ菌)
生物種: Vibrio choleraeコレラ菌 / 株: O1 biovar eltor str. N16961 / 遺伝子: intI4 / プラスミド: pDG022 (pET derived) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BlI5 / 参照: GenBank: 9657688, UniProt: O68847*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: PEG 4000, Ammonium Acetate, CaCl2, MES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2Ammonium Acetate11
3CaCl211
4MES11
5water水11
6PEG 400012
7Ammonium Acetate12
8CaCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 153 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.6 Å / Num. all: 63712 / Num. obs: 63712 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 3.33 / Num. unique all: 18833 / Rsym value: 0.462 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SnB位相決定
CNS1.1精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→44.6 Å / 交差検証法: maximum likelihood target using amplitudes / σ(F): 1 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 3211 -RANDOM
Rwork0.234 ---
all0.235 63712 --
obs0.235 63682 96.8 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10498 2568 0 170 13236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.39
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.037

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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