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- PDB-2a39: HUMICOLA INSOLENS ENDOCELLULASE EGI NATIVE STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a39
タイトルHUMICOLA INSOLENS ENDOCELLULASE EGI NATIVE STRUCTURE
要素ENDOGLUCANASE I
キーワードENDOGLUCANASE / HYDROLASE / CELLULASE / CELLULOSE DEGRADATION / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 7 / GLYCOSYLATED PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / Distorted Sandwich / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Humicola insolens (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Davies, G.J. / Sulzenbacher, G. / Mackenzie, L. / Withers, S.G. / Divne, C. / Jones, T.A. / Woldike, H.F. / Schulein, M.
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the family 7 endoglucanase I (Cel7B) from Humicola insolens at 2.2 A resolution and identification of the catalytic nucleophile by trapping of the covalent glycosyl-enzyme intermediate.
著者: MacKenzie, L.F. / Sulzenbacher, G. / Divne, C. / Jones, T.A. / Woldike, H.F. / Schulein, M. / Withers, S.G. / Davies, G.J.
#1: ジャーナル: J.Biotechnol. / 年: 1997
タイトル: Oligosaccharide Specificity of a Family 7 Endoglucanase: Insertion of Potential Sugar-Binding Subsites
著者: Davies, G.J. / Ducros, V. / Lewis, R.J. / Borchert, T.V. / Schulein, M.
履歴
登録1998年1月30日処理サイト: BNL
改定 1.01999年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: diffrn_source / entity_poly ...diffrn_source / entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / software / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22023年8月9日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE I
B: ENDOGLUCANASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,1086
ポリマ－88,2232
非ポリマー8854
水7,566420
1
B: ENDOGLUCANASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5543
ポリマ－44,1121
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: ENDOGLUCANASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5543
ポリマ－44,1121
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.900, 102.900, 282.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.79097, 0.40683, 0.45702), (0.38757, -0.24484, 0.88873), (0.47345, 0.88008, 0.03599)
ベクター: -30.9723, 31.42876, -13.32844)

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要素

#1: タンパク質 ENDOGLUCANASE I / CELLULASE / FAMILY 7 ENDOGLUCANASE


分子量: 44111.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PYROGLUTAMATE POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION AT RESIDUE 1 N-LINKED N-ACETYLGLUCOSAMINE ON RESIDUE ASN 247
由来: (組換発現) Humicola insolens (菌類) / 遺伝子: POTENTIAL / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: P56680, cellulase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
解説: MODEL FIRST SOLVED IN MONOCLINIC UNIT CELL AT LOW RESOLUTION. BAD REGIONS DELETED AND THEN THIS TRUNCATED CBH I MODEL USED TO SOLVE THIS TETRAGONAL FORM
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mMTris-HCl11
2ammonium sulfate11

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データ収集

回折平均測定温度: 270 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年7月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 63790 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Rsym value: 0.209 / % possible all: 92.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 289090
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.4 % / Mean I/σ(I) obs: 6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
Agrovataデータ削減
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
Agrovataデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NATIVE TRICHODERMA REESEI CELLOBIOHYDROLASE PDB ENTRY 1CEL

1cel


解像度: 2.2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: TWO MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT TIGHLY RESTRAINED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 7592 10 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs-75122 96.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6176 0 56 420 6652
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0310.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0340.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.92
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.73
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.92
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.53
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0090.05
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1220.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1740.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.250.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1540.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor47
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor20.420
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.183 / Rfactor Rfree: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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