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万見
- PDB-2a2z: Crystal Structure of human deoxycytidine kinase in complex with d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a2z
タイトルCrystal Structure of human deoxycytidine kinase in complex with deoxycytidine and uridine diphosphate
要素Deoxycytidine kinase
キーワードTRANSFERASE / Nucleoside Kinase / uridine diphosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxynucleoside kinase / : / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Deoxycytidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Godsey, M.H. / Ort, S. / Sabini, E. / Konrad, M. / Lavie, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structural basis for the preference of UTP over ATP in human deoxycytidine kinase: illuminating the role of main-chain reorganization.
著者: Godsey, M.H. / Ort, S. / Sabini, E. / Konrad, M. / Lavie, A.
履歴
登録2005年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN UDP 301, MO3 302, DCZ 304 are assoicated with protein chain A UDP 401, MO3 402, DCZ 404 ...HETEROGEN UDP 301, MO3 302, DCZ 304 are assoicated with protein chain A UDP 401, MO3 402, DCZ 404 are assoicated with protein chain B UDP 501, MO3 502, DCZ 504 are assoicated with protein chain C UDP 601, MO3 602, DCZ 604 are assoicated with protein chain D

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxycytidine kinase
B: Deoxycytidine kinase
C: Deoxycytidine kinase
D: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,25918
ポリマ－116,5564
非ポリマー2,70314
水1,20767
1
A: Deoxycytidine kinase
B: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6299
ポリマ－58,2782
非ポリマー1,3517
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area18260 Å2
手法PISA
2
C: Deoxycytidine kinase
D: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6299
ポリマ－58,2782
非ポリマー1,3517
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area18190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.180, 110.850, 155.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The Biological assembly is a dimer. There are two dimers per ASU.

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Deoxycytidine kinase / dCK


分子量: 29139.004 Da / 分子数: 4 / 変異: residues 65-79 deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCK / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLD21DE3 / 参照: UniProt: P27707, deoxycytidine kinase

-
非ポリマー , 5種, 81分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-DCZ / 2'-DEOXYCYTIDINE / デオキシシチジン


タイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 227.217 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N3O4
#5: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 1000, MPD, Calcium Chloride, Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月8日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→30 Å / Num. all: 22334 / Num. obs: 22297 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 12.63
反射 シェル解像度: 3.02→3.1 Å / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 3.48 / Num. measured obs: 17495 / Num. unique all: 3257 / Num. unique obs: 3257 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 91.2

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.491 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.641
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å28.66 Å
Translation3 Å28.66 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 22202
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
10.74-10037.90.674501
8.57-10.7440.10.739511
7.5-8.5746.50.692503
6.82-7.548.40.688502
6.29-6.82520.71542
5.88-6.29500.707576
5.53-5.88460.728618
5.24-5.5337.70.781654
4.99-5.2434.90.801671
4.77-4.9938.70.795707
4.58-4.7733.80.804727
4.41-4.5835.60.819779
4.26-4.4135.20.832776
4.12-4.26370.818817
4-4.1236.40.821830
3.88-436.40.812882
3.78-3.8838.70.795887
3.68-3.78360.809928
3.59-3.6837.20.828920
3.51-3.5938.10.835982
3.43-3.5136.90.819959
3.36-3.4341.30.801993
3.29-3.3643.50.8051037
3.23-3.2941.10.7891047
3.16-3.2342.70.7951052
3.11-3.16490.7521077
3.02-3.1149.50.721724

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
直接法4.2位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1P60

1p60


解像度: 3.02→29.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 2244 10.1 %RANDOM
Rwork0.246 ---
all0.25 22426 --
obs0.25 22202 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 22.1675 Å2 / ksol: 0.282504 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 85.72 Å2 / Biso mean: 44.64 Å2 / Biso min: 0.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.77 Å20 Å20 Å2
2--5.9 Å20 Å2
3---7.87 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.67 Å0.61 Å
Luzzati d res high-3.02
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.02→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7169 0 182 55 7406
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.02-3.160.39626910.10.37223940.0242756266396.6
3.16-3.320.35427910.20.31724630.0212753274299.6
3.32-3.530.35828710.30.28525030.0212792279099.9
3.53-3.80.342639.60.26924860.0212763274999.5
3.8-4.190.29828110.20.22424680.0182766274999.3
4.19-4.790.24728310.20.19225010.0152810278499.1
4.79-6.030.273282100.22225310.0162833281399.3
6.03-29.660.26230010.30.21926130.0152969291398.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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