[日本語] English
万見
- PDB-5mqj: Crystal structure of dCK mutant C3S -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mqj
タイトルCrystal structure of dCK mutant C3S
要素Deoxycytidine kinase
キーワードTRANSFERASE / Deoxycytidine kinase / dCK
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxynucleoside kinase / : / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Deoxycytidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Saez-Ayala, M. / Rebuffet, E. / Hammam, K. / Gros, L. / Lopez, S. / Hajem, B. / Humbert, M. / Baudelet, E. / Audebert, S. / Betzi, S. ...Saez-Ayala, M. / Rebuffet, E. / Hammam, K. / Gros, L. / Lopez, S. / Hajem, B. / Humbert, M. / Baudelet, E. / Audebert, S. / Betzi, S. / Lugari, A. / Combes, S. / Pez, D. / Letard, S. / Mansfield, C. / Moussy, A. / de Sepulveda, P. / Morelli, X. / Dubreuil, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
ARCSL220130606659 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Dual protein kinase and nucleoside kinase modulators for rationally designed polypharmacology.
著者: Hammam, K. / Saez-Ayala, M. / Rebuffet, E. / Gros, L. / Lopez, S. / Hajem, B. / Humbert, M. / Baudelet, E. / Audebert, S. / Betzi, S. / Lugari, A. / Combes, S. / Letard, S. / Casteran, N. / ...著者: Hammam, K. / Saez-Ayala, M. / Rebuffet, E. / Gros, L. / Lopez, S. / Hajem, B. / Humbert, M. / Baudelet, E. / Audebert, S. / Betzi, S. / Lugari, A. / Combes, S. / Letard, S. / Casteran, N. / Mansfield, C. / Moussy, A. / De Sepulveda, P. / Morelli, X. / Dubreuil, P.
履歴
登録2016年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Deoxycytidine kinase
B: Deoxycytidine kinase
C: Deoxycytidine kinase
D: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,10716
ポリマ－132,1604
非ポリマー2,94712
水00
1
A: Deoxycytidine kinase
B: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5538
ポリマ－66,0802
非ポリマー1,4736
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
2
C: Deoxycytidine kinase
D: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5538
ポリマ－66,0802
非ポリマー1,4736
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area19200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.695, 92.695, 338.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質
Deoxycytidine kinase / dCK


分子量: 33040.098 Da / 分子数: 4 / 変異: C9S,C45S,C59S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P27707, deoxycytidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 化合物
ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.21 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM Sodium acetate pH 5.5, 20% PEG 3350, 50 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→46.35 Å / Num. obs: 16596 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 77.94 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1625 / Net I/σ(I): 15.04
反射 シェル解像度: 3.7→3.833 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 1.021 / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / Num. unique obs: 1589 / CC1/2: 0.911 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P60

1p60


解像度: 3.7→47.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.62
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 830 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.184 16596 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 131.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.0211 Å20 Å20 Å2
2---18.0211 Å20 Å2
3---36.0423 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.7→47.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7252 0 104 0 7356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017635HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2210456HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2487SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes192HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1126HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7635HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.9
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1009SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9151SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.96 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 144 4.98 %
Rwork0.2079 2746 -
all0.2125 2890 -
obs--99.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5097-0.6160.59651.6662-0.77632.28280.01870.2171-0.27280.07370.18790.3009-0.03780.3995-0.2066-0.0212-0.00360.05670.16080.0581-0.0478-67.61245.0227371.1617
21.7220.42761.44511.4236-0.08461.3752-0.16680.19790.0960.14290.0703-0.21960.2121-0.19640.09640.089-0.1520.02360.14640.152-0.0788-96.387124.2706361.2999
31.2629-0.1197-1.34911.1209-1.37881.1250.2059-0.0992-0.10330.1631-0.07740.0496-0.2797-0.3245-0.12840.0034-0.0467-0.00060.304-0.0084-0.0638-110.722467.916317.6753
41.5760.74090.88121.854-0.83622.2639-0.0389-0.0414-0.0233-0.10550.1492-0.09610.2052-0.2799-0.11020.0144-0.152-0.06880.304-0.0011-0.2562-114.399933.4746330.7363
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る