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- PDB-2a1x: Human phytanoyl-coa 2-hydroxylase in complex with iron and 2-oxog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a1x
タイトルHuman phytanoyl-coa 2-hydroxylase in complex with iron and 2-oxoglutarate
要素Phytanoyl-CoA dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / beta jelly roll / DOUBLE-STRANDED BETA-HELIX / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


phytanoyl-CoA dioxygenase / 2-oxobutyrate catabolic process / Alpha-oxidation of phytanate / methyl-branched fatty acid metabolic process / isoprenoid metabolic process / TYSND1 cleaves peroxisomal proteins / protein targeting to peroxisome / phytanoyl-CoA dioxygenase activity / 9+0 non-motile cilium / fatty acid alpha-oxidation ...phytanoyl-CoA dioxygenase / 2-oxobutyrate catabolic process / Alpha-oxidation of phytanate / methyl-branched fatty acid metabolic process / isoprenoid metabolic process / TYSND1 cleaves peroxisomal proteins / protein targeting to peroxisome / phytanoyl-CoA dioxygenase activity / 9+0 non-motile cilium / fatty acid alpha-oxidation / carboxylic acid binding / 2-oxoglutarate metabolic process / L-ascorbic acid binding / peroxisomal matrix / Peroxisomal protein import / ferrous iron binding / peroxisome / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
q2cbj1_9rhob like domain / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Phytanoyl-CoA dioxygenase, peroxisomal
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kavanagh, K.L. / McDonough, M.A. / Searles, T. / Butler, D. / Bunkoczi, G. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / Schofield, C.J. ...Kavanagh, K.L. / McDonough, M.A. / Searles, T. / Butler, D. / Bunkoczi, G. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / Schofield, C.J. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structure of Human Phytanoyl-CoA 2-Hydroxylase Identifies Molecular Mechanisms of Refsum Disease
著者: McDonough, M.A. / Kavanagh, K.L. / Butler, D. / Searles, T. / Oppermann, U. / Schofield, C.J.
履歴
登録2005年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phytanoyl-CoA dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6933
ポリマ－35,4911
非ポリマー2022
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.929, 86.677, 97.541
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA alpha-hydroxylase / PhyH / Phytanic acid oxidase / phytanoyl-CoA 2-hydroxylase


分子量: 35490.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHYH, PAHX / プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14832, phytanoyl-CoA dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 20% PEG 3350, 0.3 M tri-ammonium citrate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月6日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30.44 Å / Num. all: 9583 / Num. obs: 9583 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1448 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→30.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 22.175 / SU ML: 0.246 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.696 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27428 472 4.9 %RANDOM
Rwork0.20425 ---
all0.20772 9110 --
obs0.20772 9110 93.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.234 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.69 Å20 Å20 Å2
2--3.4 Å20 Å2
3----1.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1961 0 11 15 1987
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0212012
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.361.9492722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81134133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6345246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.28623.80492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.54415318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8821511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02414
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2369
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.21819
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.2928
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21182
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0990.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1520.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0210.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.44631295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3073506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.38952006
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2638810
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.66211716
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 48 -
Rwork0.25 685 -
obs--97.21 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.9091 Å / Origin y: 17.2925 Å / Origin z: 36.1656 Å
111213212223313233
T0.0297 Å20.0047 Å2-0.0164 Å2--0.056 Å20.1451 Å2--0.0113 Å2
L5.3131 °20.6034 °2-1.294 °2-1.5005 °20.2177 °2--3.1446 °2
S0.0409 Å °-0.6886 Å °-0.3403 Å °0.137 Å °-0.1012 Å °-0.0371 Å °0.2566 Å °0.0113 Å °0.0604 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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