+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a1m | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of ferrous dioxygen complex of wild-type cytochrome P450cam | ||||||
![]() | Cytochrome P450-cam | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 / CYP / dioxygen complex / oxy | ||||||
機能・相同性 | ![]() camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nagano, S. / Poulos, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic study on the dioxygen complex of wild-type and mutant cytochrome P450cam. Implications for the dioxygen activation mechanism 著者: Nagano, S. / Poulos, T.L. #1: ![]() タイトル: Crystal Structures of the Ferrous Dioxygen Complex of Wild-type Cytochrome P450eryF and Its Mutants, A245S and A245T: INVESTIGATION OF THE PROTON TRANSFER SYSTEM IN P450eryF 著者: Nagano, S. / Cupp-Vickery, J.R. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 185.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 145.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 46688.012 Da / 分子数: 2 / 変異: C334A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 6種, 445分子 ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/CAM.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/CAM.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-TRS / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: PEG 4000, potassium chloride, Tris-HCl, D-camphor, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年3月11日 / 詳細: confocal mirror |
放射 | モノクロメーター: Osmic's confocal mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→47.82 Å / Num. obs: 41808 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 83.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1DZ4 解像度: 2.1→47.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 148961.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.8109 Å2 / ksol: 0.354386 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.3 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.82 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|