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万見
- PDB-2a1k: RB69 single-stranded DNA binding protein core domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a1k
タイトルRB69 single-stranded DNA binding protein core domain
要素gp32 single stranded DNA binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Zn2+ binding subdomain / 5-stranded beta-sheet / OB fold / single-stranded DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Replication Fork Single-Stranded DNA Binding Protein / Replication Fork Single-Stranded Dna Binding Protein / Bacteriophage T4, Gp32, single-stranded DNA-binding domain / Bacteriophage T4, Gp32, single-stranded DNA-binding superfamily / Bacteriophage T4, Gp32, single-stranded DNA-binding / gp32 DNA binding protein like / Nucleic acid-binding, OB-fold / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sun, S. / Geng, L. / Shamoo, Y.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Structure and enzymatic properties of a chimeric bacteriophage RB69 DNA polymerase and single-stranded DNA binding protein with increased processivity.
著者: Sun, S. / Geng, L. / Shamoo, Y.
履歴
登録2005年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: gp32 single stranded DNA binding protein
B: gp32 single stranded DNA binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3254
ポリマ－52,1952
非ポリマー1312
水7,855436
1
A: gp32 single stranded DNA binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1632
ポリマ－26,0971
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: gp32 single stranded DNA binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1632
ポリマ－26,0971
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.700, 67.700, 123.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 gp32 single stranded DNA binding protein


分子量: 26097.328 Da / 分子数: 2 / 断片: Core domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
属: T4-like viruses / 遺伝子: 32 / プラスミド: pKC30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AR120 / 参照: UniProt: Q7Y265
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG200, MES, magnesium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月7日 / 詳細: osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.87 Å / Num. all: 49458 / Num. obs: 49458 / % possible obs: 96.295 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 5 / Scaling rejects: 1324
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / % possible obs: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. measured obs: 784 / % possible all: 96.3

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位相決定

Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.764 / Packing: 0.53
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Rotation4 Å15 Åfast direct99.4 0
Translation4 Å15 Ågeneral99.4 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK7.1SSIデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GPC

1gpc


解像度: 2→47.87 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1719 4.6 %RANDOM
Rwork0.236 ---
all0.243 37572 --
obs0.243 36718 97.7 %-
溶媒の処理Bsol: 55.561 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 31.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.489 Å20 Å20 Å2
2---2.489 Å20 Å2
3---4.978 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3434 0 2 436 3872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.23321
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008093
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2-2.150.34953230.3096X-RAY DIFFRACTION7520
2.15-2.370.31673310.275X-RAY DIFFRACTION7269
2.37-2.710.27893410.2505X-RAY DIFFRACTION7358
2.71-3.420.25973660.2386X-RAY DIFFRACTION7416
3.42-5000.21343580.2134X-RAY DIFFRACTION7155
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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