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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a15 | ||||||
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タイトル | X-ray Crystal Structure of RV0760 from Mycobacterium Tuberculosis at 1.68 Angstrom Resolution | ||||||
要素 | HYPOTHETICAL PROTEIN Rv0760c | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / beta-alpha-barrel / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å | ||||||
データ登録者 | Garen, C.R. / Cherney, M.M. / James, M.N.G. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2008 タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Rv0760c at 1.50 A resolution, a structural homolog of Delta(5)-3-ketosteroid isomerase 著者: Cherney, M.M. / Garen, C.R. / James, M.N.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2a15.cif.gz | 44.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2a15.ent.gz | 30.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2a15.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2a15_validation.pdf.gz | 439.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2a15_full_validation.pdf.gz | 440.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2a15_validation.xml.gz | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2a15_validation.cif.gz | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/2a15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/2a15 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation: y-x,y,2/3-z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15256.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: SIMILARITY WITH PDB IDs 1BUQ, 1CQS, 1E3R, 1E3V, 1OH0 ETC. SUGGESTS THAT THIS PROTEIN IS KETOSTEROID ISOMERASE 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: Rv0760 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71817 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NCA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.28 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6 M Na, K Phosphate, 100mM Hepes buffer pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→48.17 Å / Num. all: 21399 / Num. obs: 21399 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.68→1.74 Å / 冗長度: 7.6 % / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: the model was obtained from a SAD solution from the data collected on SeMet variant of the same protein. 解像度: 1.68→48.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.813 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.639 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.68→48.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20
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