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万見
- PDB-2a07: Crystal Structure of Foxp2 bound Specifically to DNA. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a07
タイトルCrystal Structure of Foxp2 bound Specifically to DNA.
要素
  • 5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*T)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3'
  • Forkhead box protein P2
キーワードTranscription/DNA / Forkhead / Double-Helix / Swapping / Homodimer / Monomer / Winged-Helix / Magnesium / Transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


caudate nucleus development / putamen development / cerebral cortex development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II ...caudate nucleus development / putamen development / cerebral cortex development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / protein homodimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / FOXP, coiled-coil domain / : / FOXP coiled-coil domain / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. ...: / FOXP, coiled-coil domain / : / FOXP coiled-coil domain / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Forkhead box protein P2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Stroud, J.C. / Wu, Y. / Bates, D.L. / Han, A. / Nowick, K. / Paabo, S. / Tong, H. / Chen, L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Structure of the Forkhead Domain of FOXP2 Bound to DNA.
著者: Stroud, J.C. / Wu, Y. / Bates, D.L. / Han, A. / Nowick, K. / Paabo, S. / Tong, H. / Chen, L.
履歴
登録2005年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*T)-3'
B: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3'
C: 5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*T)-3'
D: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3'
F: Forkhead box protein P2
G: Forkhead box protein P2
H: Forkhead box protein P2
I: Forkhead box protein P2
J: Forkhead box protein P2
K: Forkhead box protein P2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,06016
ポリマ－91,91510
非ポリマー1466
水10,467581
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.542, 124.210, 67.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*T)-3'


分子量: 6389.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA is Synthesized by Solid Phase Method
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3'


分子量: 6491.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA is Synthesized by Solid Phase Method
#3: タンパク質
Forkhead box protein P2 / CAG repeat protein 44 / Trinucleotide repeat-containing gene 10 protein


分子量: 11025.630 Da / 分子数: 6 / Fragment: Foxp2 Forkhead Domain / Mutation: D502I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOXP2, CAGH44, TNRC10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15409
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.68
詳細: BTP, Sodium Chloride, PEG 3k, Magnesium Chloride, Sodium Azide, pH 6.68, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1BTP11
2Sodium Chloride11
3PEG 3k11
4Magnesium Chloride11
5Sodium Azide11
6H2O11
7Sodium Chloride12
8PEG 3k12
9Magnesium Chloride12
10H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0781 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 81978 / Num. obs: 79203 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 28.46
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 8.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→40 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2436 7443 Random
Rwork0.2224 --
all0.2311 81978 -
obs0.2224 73908 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4149 1710 6 581 6446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005852
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.06712
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.99112
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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