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Yorodumi- PDB-2x53: Structure of the phage p2 baseplate in its activated conformation... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2x53 | ||||||
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Title | Structure of the phage p2 baseplate in its activated conformation with Sr | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / BASEPLATE | ||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / virus tail, baseplate / virus tail / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / cell adhesion / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell Similarity search - Function | ||||||
Biological species | LACTOCOCCUS PHAGE P2 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.9 Å | ||||||
Authors | Sciara, G. / Bebeacua, C. / Bron, P. / Tremblay, D. / Ortiz-Lombardia, M. / Lichiere, J. / van Heel, M. / Campanacci, V. / Moineau, S. / Cambillau, C. | ||||||
Citation | Journal: Proc Natl Acad Sci U S A / Year: 2010 Title: Structure of lactococcal phage p2 baseplate and its mechanism of activation. Authors: Giuliano Sciara / Cecilia Bebeacua / Patrick Bron / Denise Tremblay / Miguel Ortiz-Lombardia / Julie Lichière / Marin van Heel / Valérie Campanacci / Sylvain Moineau / Christian Cambillau / Abstract: Siphoviridae is the most abundant viral family on earth which infects bacteria as well as archaea. All known siphophages infecting gram+ Lactococcus lactis possess a baseplate at the tip of their ...Siphoviridae is the most abundant viral family on earth which infects bacteria as well as archaea. All known siphophages infecting gram+ Lactococcus lactis possess a baseplate at the tip of their tail involved in host recognition and attachment. Here, we report analysis of the p2 phage baseplate structure by X-ray crystallography and electron microscopy and propose a mechanism for the baseplate activation during attachment to the host cell. This approximately 1 MDa, Escherichia coli-expressed baseplate is composed of three protein species, including six trimers of the receptor-binding protein (RBP). RBPs host-recognition domains point upwards, towards the capsid, in agreement with the electron-microscopy map of the free virion. In the presence of Ca(2+), a cation mandatory for infection, the RBPs rotated 200 degrees downwards, presenting their binding sites to the host, and a channel opens at the bottom of the baseplate for DNA passage. These conformational changes reveal a novel siphophage activation and host-recognition mechanism leading ultimately to DNA ejection. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2x53.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2x53.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2x53.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2x53_validation.pdf.gz | 571.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2x53_full_validation.pdf.gz | 642.8 KB | Display | |
Data in XML | 2x53_validation.xml.gz | 239.5 KB | Display | |
Data in CIF | 2x53_validation.cif.gz | 323 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x53 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1699C 1706C 2wzpSC 4v5iC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42869.238 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) LACTOCOCCUS PHAGE P2 (virus) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: D3KFX5*PLUS #2: Protein | Mass: 28536.861 Da / Num. of mol.: 18 / Fragment: RESIDUES 2-264 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) LACTOCOCCUS PHAGE P2 (virus) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q1RNF7, UniProt: Q71AW2*PLUS #3: Protein | Mass: 34437.848 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) LACTOCOCCUS PHAGE P2 (virus) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: D3WAD3*PLUS #4: Chemical | ChemComp-SR / Nonpolymer details | STRONTIUM (SR): DIVALENT CATION | Sequence details | THE SEQUENCE OF THIS PHAGE IS AVAILABLE FROM GENBANK ENTRY: GQ979703 | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.52 Å3/Da / Density % sol: 73 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.5 Details: 20C, PROTEIN 4 MG/ML. 3.3% PEG 8000 IN 33 MM TRIS PH 8.5, 130 MM SR ACETATE, 66 MM LI SULFATE, AND 66 MM IMIDAZOLE. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.98 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.9→120 Å / Num. obs: 141311 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3 % / Biso Wilson estimate: 60.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 5.4 |
Reflection shell | Resolution: 3.9→4.1 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2WZP Resolution: 3.9→39.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8612 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8407 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 Details: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=SR. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=59736. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. ...Details: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=SR. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=59736. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=6.
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Displacement parameters | Biso mean: 110.08 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.995 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.9→39.31 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.9→4 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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