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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 296d | ||||||||||||||||||
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タイトル | SEQUENCE-DEPENDENT EFFECTS IN DRUG-DNA INTERACTION: THE CRYSTAL STRUCTURE OF HOECHST 33258 BOUND TO THE D(CGCAAATTTGCG)2 DUPLEX | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | Chem-HT / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2.25 Å | データ登録者 | Spink, N. / Brown, D.G. / Skelly, J.V. / Neidle, S. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1994 | タイトル: Sequence-dependent effects in drug-DNA interaction: the crystal structure of Hoechst 33258 bound to the d(CGCAAATTTGCG)2 duplex. 著者: Spink, N. / Brown, D.G. / Skelly, J.V. / Neidle, S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 296d.cif.gz | 25.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb296d.ent.gz | 16.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 296d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 296d_validation.pdf.gz | 396.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 296d_full_validation.pdf.gz | 410.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 296d_validation.xml.gz | 3.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 296d_validation.cif.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/96/296d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/96/296d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-HT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.99 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 15 ℃ / pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.1 Å / Num. all: 11799 / Num. obs: 3114 / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Num. all: 3437 / Num. measured all: 11799 / Rmerge(I) obs: 0.061 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.25→8 Å / σ(I): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: NUCLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(I): 2 / Rfactor obs: 0.185 / 最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 8 Å | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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