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- PDB-288d: SUBSTITUTIONS AT C2' OF DAUNOSAMINE IN THE ANTICANCER DAUNORUBICI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 288d
タイトルSUBSTITUTIONS AT C2' OF DAUNOSAMINE IN THE ANTICANCER DAUNORUBICIN ALTER ITS DNA-BINDING SEQUENCE SPECIFICITY
要素DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
キーワードDNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG
機能・相同性2'-BROMO-4'-EPIDAUNORUBICIN / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gao, Y.-G. / Priebe, W. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1996
タイトル: Substitutions at C2' of daunosamine in the anticancer drug daunorubicin alter its DNA-binding sequence specificity.
著者: Gao, Y.G. / Priebe, W. / Wang, A.H.
履歴
登録1996年7月22日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01996年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4162
ポリマ－1,8091
非ポリマー6061
水82946
1
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8314
ポリマ－3,6182
非ポリマー1,2132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)28.042, 28.042, 53.363
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-DM8 / 2'-BROMO-4'-EPIDAUNORUBICIN / WP401 / DAUNOMYCIN DERIVATIVE / DAUNORUBICIN DERIVATIVE


分子量: 606.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H28BrNO10
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.00K / Temp details: ROOM TEMPERATURE
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3BACL211
4NA CACODYLATE11
5SPERMINE11
6WATER12
7MPD12
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.2 mMsingle-stranded DNA hexamer1drop
24 mM1dropBaCl2
335 mMsodium cacodylate1drop
42.5 mMspermine1drop
51.2 mMdrug1drop
65 %MPD1drop
740 %1reservoir
88 mM1dropHCHO
91 %1reservoirHCHO

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.062
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.88 Å / % possible obs: 86.9 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MSCデータ収集
NUCLSQ精密化
MSCデータ削減
精密化解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 4 /
Rfactor反射数
obs0.205 1929
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 120 39 46 205
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONn_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONn_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_it
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_angle_it
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_it
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_angle_it
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_angle_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_dihedral_angle_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_impr_tor
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONn_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONn_xhyhbond_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: NUCLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 4
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONn_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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