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- PDB-219d: DNA/RNA HYBRID DUPLEX (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*APS*TP*GP*G)-3')(D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 219d
タイトルDNA/RNA HYBRID DUPLEX (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*APS*TP*GP*G)-3')(DOT) (5'-R(*CP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*AP*GP*C)-3') WITH A PHOSPHOROTHIOATE MOIETY
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*CP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*AP*GP*C)-3')
キーワードDNA-RNA HYBRID / DNA / RNA / HYBRID / PHOSPHOROTHIOATE / DNA-RNA COMPLEX
機能・相同性DNA / RNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Gonzalez, C. / James, T.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Structure and dynamics of a DNA.RNA hybrid duplex with a chiral phosphorothioate moiety: NMR and molecular dynamics with conventional and time-averaged restraints.
著者: Gonzalez, C. / Stec, W. / Reynolds, M.A. / James, T.L.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Structural Study of a DNA(Dot)RNA Hybrid Duplex with a Chiral Phosphorothioate Moiety by NMR: Extraction of Distance and Torsion Angle Constraints and Imino Proton Exchange Rates
著者: Gonzalez, C. / Stec, W. / Kobylanska, A. / Hogrefe, R.I. / Reynolds, M.A. / James, T.L.
履歴
登録1995年7月25日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2222
ポリマ－6,2222
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*G)-3')


分子量: 3100.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / キーワード: DEOXYRIBONUCLEIC ACID
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*AP*GP*C)-3')


分子量: 3121.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / キーワード: RIBONUCLEIC ACID

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: THE PHOSPHATE BETWEEN NUCLEOTIDES SEVEN AND EIGHT IS MODIFIED BY SUBSTITUTING A SULFUR FOR ONE OF THE OXYGEN ATOMS. TWO SAMPLES WITH PURE CHIRALITY (R OR S) HAVE BEEN STUDIED; ONLY MINOR ...Text: THE PHOSPHATE BETWEEN NUCLEOTIDES SEVEN AND EIGHT IS MODIFIED BY SUBSTITUTING A SULFUR FOR ONE OF THE OXYGEN ATOMS. TWO SAMPLES WITH PURE CHIRALITY (R OR S) HAVE BEEN STUDIED; ONLY MINOR DIFFERENCES COULD BE DETECTED. THE COORDINATES REPRESENT THE S STEREOISOMER OF THE MODIFIED PHOSPHATE. THE SIXTH ROOT R-FACTOR, EXPRESSING THE FIT TO THE EXPERIMENTAL NOE DATA, CALCULATED WITH THE PROGRAM CORMA (KEEPERS AND JAMES), HAS A VALUE OF 0.074. THE ROOT MEAN SQUARE DEVIATION BETWEEN EXPERIMENTAL AND THEORETICAL DEOXYRIBOSE J-COUPLING CONSTRAINTS IS 2.01 HZ. THIS POOR FIT OF THE COUPLING CONSTANTS IS DUE TO CONFORMATIONAL FLEXIBILITY IN THE SUGAR RING.

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア名称: AMBER / 分類: 精密化
NMR software名称: AMBER4 / 開発者: PEARLMAN,KOLLMAN / 分類: 精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: NUMBER OF ATOMS USED IN REFINEMENT. NUMBER OF PROTEIN ATOMS 0 NUMBER OF NUCLEIC ACID ATOMS 411 NUMBER OF HETEROGEN ATOMS 0 NUMBER OF SOLVENT ATOMS 0
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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