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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zxf | ||||||
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タイトル | Solution structure of a self-sacrificing resistance protein, CalC from Micromonospora echinospora | ||||||
要素 | CalC | ||||||
キーワード | TOXIN / Self-Sacrificing Resistance Protein / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG | ||||||
機能・相同性 | Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / CalC 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Micromonospora echinospora (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Singh, S. / Hager, M.H. / Zhang, C. / Griffith, B.R. / Lee, M.S. / Hallenga, K. / Markley, J.L. / Thorson, J.S. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2006 タイトル: Structural insight into the self-sacrifice mechanism of enediyne resistance. 著者: Singh, S. / Hager, M.H. / Zhang, C. / Griffith, B.R. / Lee, M.S. / Hallenga, K. / Markley, J.L. / Thorson, J.S. #1: ジャーナル: Science / 年: 2003 タイトル: Resistance to enediyne antitumor antibiotics by CalC self-sacrifice. 著者: Biggins, J.B. / Onwueme, K.C. / Thorson, J.S. #2: ジャーナル: Science / 年: 2002 タイトル: The calicheamicin gene cluster and its iterative type I enediyne PKS. 著者: Ahlert, J. / Shepard, E. / Lomovskaya, N. / Zazopoulos, E. / Staffa, A. / Bachmann, B.O. / Huang, K. / Fonstein, L. / Czisny, A. / Whitwam, R.E. / Farnet, C.M. / Thorson, J.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zxf.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zxf.ent.gz | 910.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zxf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1zxf_validation.pdf.gz | 345.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1zxf_full_validation.pdf.gz | 539.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1zxf_validation.xml.gz | 74.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1zxf_validation.cif.gz | 97.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/1zxf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/1zxf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17915.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア) 遺伝子: CalC / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)GOLD / キーワード: AAM70338 / 参照: UniProt: Q8KNF0 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: NOESY mixing time = 100 ms |
-試料調製
詳細 | 内容: 1mM CalC U-15N,13C; 10mM phosphate buffer, 150 mM NaCl, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | |||||||||||||||
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試料状態 |
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-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | ||||||||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 3042 restraints, 2766 are NOE-derived distance constraints, 176 dihedral angle restraints,100 distance restraints from hydrogen bonds. | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |