PDB-5l8x: X-RAY STRUCTURE OF APO METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII METHYLTRANSF...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l8x

タイトル

X-RAY STRUCTURE OF APO METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII METHYLTRANSFERASE SUBUNIT A AT 1.85 ANGSTROM

要素

(Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A) x 2

キーワード

TRANSFERASE / Methanogenesis / Motor pump / Membrane protein / Methyltransferase / Cobalamin / Vitamin B12 / CoenzymeM / Rossmann fold / Hyperthermophile / Marine organism

機能・相同性

機能・相同性情報

tetrahydromethanopterin S-methyltransferase / tetrahydromethanopterin S-methyltransferase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / cobalt ion binding / one-carbon metabolic process / methylation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Wagner, T. / Ermler, U. / Shima, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: MtrA of the sodium ion pumping methyltransferase binds cobalamin in a unique mode.
著者: Wagner, T. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2016年6月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月6日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l8x.cif.gz	144.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l8x.ent.gz	112.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l8x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/5l8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/5l8x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5laaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1gv8-d 6dp4-d 3qpi-2 6dov-d 1zxf-d 6w6z-d 6dow-d 5dni-1 6do9-d 6owu-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A

B: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A

ヘテロ分子

37.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.690, 37.030, 65.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A / N5-methyltetrahydromethanopterin--coenzyme M methyltransferase subunit A 分子量: 18400.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The HexaHistidine tagged in the N-terminus has been partially cleaved during limited proteolysis as the C-terminus. The original construct corresponds to MtrA 1-220. 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌) 遺伝子: mtrA, MJ0851 / プラスミド: pET28a 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q58261, tetrahydromethanopterin S-methyltransferase
#2: タンパク質	Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase subunit A / N5-methyltetrahydromethanopterin--coenzyme M methyltransferase subunit A 分子量: 18457.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The HexaHistidine tagged in the N-terminus has been partially cleaved during limited proteolysis as the C-terminus. The original construct corresponds to MtrA 1-220. 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌) 遺伝子: mtrA, MJ0851 / プラスミド: pET28a 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q58261, tetrahydromethanopterin S-methyltransferase
#3: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate 分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#4: 化合物	ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID 分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.42 % 解説: Tiny needles can have a maximum length of about 200 microns
結晶化	温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 50 mg/ml protein after 2 months incubation, transparent needle-type crystals were reproducibly obtained in 2.2 M D/L-malate pH 7.6, 100 mM Tris-HCl pH 8.0 Temp details: Best crystals appeared at 281.15 K but smaller needles can appear at higher temperature too

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→45.11 Å / Num. obs: 25433 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.3 % / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.123 / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.609 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP	11.0.05	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: MtrA cytoplasmic Methanothermus fervidus

解像度: 1.85→45.108 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2371	1280	5.03 %
R_work	0.1869	-	-
obs	0.1894	25433	95.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→45.108 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2569	0	18	101	2688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2631
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.197	3565
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.869	965
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	397
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	479

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9241	0.3071	139	0.2593	2675	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9241-2.0117	0.2848	135	0.2491	2674	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0117-2.1177	0.2935	147	0.2162	2638	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1177-2.2504	0.262	145	0.2097	2646	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2504-2.4241	0.2611	150	0.2038	2669	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4241-2.6681	0.235	133	0.1991	2713	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6681-3.0541	0.2773	148	0.1911	2675	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0541-3.8475	0.2148	137	0.1688	2709	X-RAY DIFFRACTION	95
3.8475-45.1213	0.1815	146	0.1491	2754	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2442	0.7382	0.8517	1.6569	1.4791	3.5674	0.2179	-0.3375	0.0059	0.3771	-0.0093	0.1398	0.1346	-0.633	-0.0221	0.1841	0.0192	0.0209	0.2243	0.0173	0.1572	-23.4445	3.8643	26.0585
2	1.9622	-0.0388	-0.05	0.8663	-0.5828	2.1058	-0.1016	-0.21	-0.2819	0.0388	0.0848	-0.0064	0.2438	-0.0704	0.0267	0.1112	-0.0124	-0.0042	0.0988	0.0355	0.1469	-15.2805	-2.6692	21.6822
3	2.9533	0.5302	-0.4066	1.1878	-0.4466	4.1897	0.0686	-0.0686	-0.2476	0.0813	0.2176	-0.203	0.2816	0.4287	-0.3087	0.1047	0.0041	-0.0344	0.1611	-0.0035	0.1785	-3.0086	-0.2841	15.0558
4	2.0779	-0.0701	-0.2027	3.3625	0.9676	1.3735	0.0446	0.5725	0.3636	-0.2913	0.0576	-0.1408	-0.1841	0.1043	-0.0774	0.1536	-0.0507	0.0035	0.1637	0.0634	0.1582	-6.2103	7.9064	7.8497
5	2.6991	0.2234	0.1301	2.2144	0.187	2.3919	0.0191	-0.023	0.6369	0.0876	-0.0144	-0.3214	-0.5497	0.2734	0.1312	0.2033	-0.0691	0.0167	0.0873	0.0076	0.2133	-12.084	13.1072	19.1052
6	2.6096	-0.8026	-1.3061	1.9847	-0.3416	2.7102	-0.2246	-0.576	-0.3399	0.1589	0.0462	-0.2306	0.2631	0.5695	0.1671	0.1586	0.0387	-0.0198	0.2758	0.0696	0.2097	-7.2177	-4.9051	29.9009
7	1.974	0.1097	-0.5493	2.3468	0.7592	2.9147	0.2342	-0.1846	0.1398	-0.0384	-0.0225	0.055	-0.5899	-0.5306	-0.2146	0.1595	0.0169	0.0043	0.1464	0.0011	0.1791	-20.1737	10.8063	21.0175
8	2.4481	0.2225	-0.8581	0.8272	0.4375	0.6145	-0.1661	0.4783	-0.1192	0.0476	0.1197	0.5013	0.0872	-0.423	0.0334	0.1806	-0.0261	0.064	0.3944	0.1499	0.2727	-25.423	-4.8601	-22.0694
9	0.8254	0.2541	-1.4766	1.3405	-0.6691	3.3341	-0.1236	0.3047	-0.1561	-0.1696	0.1773	0.1011	0.87	-0.6153	0.0005	0.2492	-0.0967	-0.0303	0.1899	0.0257	0.1427	-19.4655	-12.2225	-14.6836
10	3.2319	-0.5565	-0.122	3.444	-0.2262	3.7752	-0.0212	-0.1883	0.1499	-0.0255	0.1524	-0.1997	-0.1244	0.68	-0.0993	0.1642	-0.0471	0.0169	0.1987	-0.0369	0.125	-10.7569	-5.1193	-2.892
11	1.1457	0.0003	-1.0019	2.4171	-1.1128	3.6523	-0.0248	0.3049	0.1009	0.2115	0.3046	0.1886	0.0433	-0.9072	-0.0843	0.2027	-0.0193	0.0122	0.278	0.0679	0.1357	-24.1235	-6.6185	-10.9966

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 18 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 79 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 80 through 97 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 98 through 119 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 120 through 129 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 130 through 155 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 156 through 170 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid -2 through 17 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 18 through 79 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 80 through 119 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 120 through 169 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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