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- PDB-1zwt: Structure of the globular head domain of the bundlin, BfpA, of th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zwt
タイトルStructure of the globular head domain of the bundlin, BfpA, of the bundle-forming pilus of Enteropathogenic E.coli
要素Major structural subunit of bundle-forming pilus
キーワードCELL ADHESION / alpha-beta fold / beta-sandwich / one disulfide bond
機能・相同性
機能・相同性情報


Major structural subunit of bundle-forming pilus / Bundlin / TcpA-like pilin / TcpA-like pilin / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major structural subunit of bundle-forming pilus
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / Simulated annealing with NMR restraints using ARIA
データ登録者Ramboarina, S. / Fernandes, P.J. / Daniell, S. / Islam, S. / Frankel, G. / Booy, F. / Donnenberg, M.S. / Matthews, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structure of the Bundle-forming Pilus from Enteropathogenic Escherichia coli
著者: Ramboarina, S. / Fernandes, P.J. / Daniell, S. / Islam, S. / Simpson, P. / Frankel, G. / Booy, F. / Donnenberg, M.S. / Matthews, S.
#1: ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 2004
タイトル: Complete resonance assignments of bundlin (BfpA) from the bundle-forming pilus of enteropathogenic Escherichia coli
著者: Ramboarina, S. / Fernandes, P. / Simpson, P. / Frankel, G. / Donnenberg, M. / Matthews, S.
履歴
登録2005年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major structural subunit of bundle-forming pilus


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4861
ポリマ－16,4861
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)12 / 100structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #12least number of violations, lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Major structural subunit of bundle-forming pilus / Bundle- forming pilin / Bundlin / BFP


分子量: 16486.092 Da / 分子数: 1 / 断片: BfpA / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O127:H6 / 遺伝子: bfpA / プラスミド: pET39b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RY3080 / 参照: UniProt: P33553
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
1313D HBHA(CBCACO)NH
1413D (H)CCH-TOCSY
1513D (H)CC(CO)NH-TOCSY
NMR実験の詳細Text: Hydrogen-exchange experiments

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM BfpA U-15N,13C, 20 mM sodium phosphate buffer pH 5.2, 90%H20, 10% D2O
溶媒系: 90%H20, 10% D2O
試料状態イオン強度: no salt / pH: 5.2 / 圧: normal / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grezsiek, Bax解析
NMRView5.0.4Johnson and Blevinsデータ解析
ARIA1.2Linge and Nilges精密化
精密化手法: Simulated annealing with NMR restraints using ARIA / ソフトェア番号: 1
詳細: 577 Ambiguous and 2277 unambiguous NOE restraints, 86 TALOS constraints and 38 hydrogen bonds were imposed during ARIA structure calculations.
代表構造選択基準: least number of violations, lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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