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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zwt | ||||||
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タイトル | Structure of the globular head domain of the bundlin, BfpA, of the bundle-forming pilus of Enteropathogenic E.coli | ||||||
![]() | Major structural subunit of bundle-forming pilus | ||||||
![]() | CELL ADHESION / alpha-beta fold / beta-sandwich / one disulfide bond | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / Simulated annealing with NMR restraints using ARIA | ||||||
![]() | Ramboarina, S. / Fernandes, P.J. / Daniell, S. / Islam, S. / Frankel, G. / Booy, F. / Donnenberg, M.S. / Matthews, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the Bundle-forming Pilus from Enteropathogenic Escherichia coli 著者: Ramboarina, S. / Fernandes, P.J. / Daniell, S. / Islam, S. / Simpson, P. / Frankel, G. / Booy, F. / Donnenberg, M.S. / Matthews, S. #1: ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 2004 タイトル: Complete resonance assignments of bundlin (BfpA) from the bundle-forming pilus of enteropathogenic Escherichia coli 著者: Ramboarina, S. / Fernandes, P. / Simpson, P. / Frankel, G. / Donnenberg, M. / Matthews, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 587.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 513.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 345.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16486.092 Da / 分子数: 1 / 断片: BfpA / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: Hydrogen-exchange experiments |
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試料調製
詳細 | 内容: 0.5 mM BfpA U-15N,13C, 20 mM sodium phosphate buffer pH 5.2, 90%H20, 10% D2O 溶媒系: 90%H20, 10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: no salt / pH: 5.2 / 圧: normal / 温度: 303 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Simulated annealing with NMR restraints using ARIA / ソフトェア番号: 1 詳細: 577 Ambiguous and 2277 unambiguous NOE restraints, 86 TALOS constraints and 38 hydrogen bonds were imposed during ARIA structure calculations. | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: least number of violations, lowest energy | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 12 |