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- PDB-1zw0: Crystal structure of the Yersinia Type III Secretion protein YscE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zw0
タイトルCrystal structure of the Yersinia Type III Secretion protein YscE
要素type III secretion protein
キーワードCHAPERONE / Type III secretion / Yersinia / translocation / export
機能・相同性Type III secretion system, secretion protein E / Type III secretion system, cytoplasmic E component of needle / Immunoglobulin FC, subunit C / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / cytoplasm / Type 3 secretion system chaperone YscE / Type 3 secretion system chaperone YscE
機能・相同性情報
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Phan, J. / Austin, B.P. / Waugh, D.S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the Yersinia type III secretion protein YscE
著者: Phan, J. / Austin, B.P. / Waugh, D.S.
履歴
登録2005年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: type III secretion protein
B: type III secretion protein
C: type III secretion protein
D: type III secretion protein
E: type III secretion protein
F: type III secretion protein
G: type III secretion protein
H: type III secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9358
ポリマ－60,9358
非ポリマー00
水6,017334
1
A: type III secretion protein
B: type III secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2342
ポリマ－15,2342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8290 Å2
手法PISA
2
C: type III secretion protein
D: type III secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2342
ポリマ－15,2342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area7630 Å2
手法PISA
3
E: type III secretion protein
F: type III secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2342
ポリマ－15,2342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7410 Å2
手法PISA
4
G: type III secretion protein
H: type III secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2342
ポリマ－15,2342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8260 Å2
手法PISA
5
A: type III secretion protein
B: type III secretion protein

A: type III secretion protein
B: type III secretion protein

C: type III secretion protein
D: type III secretion protein
E: type III secretion protein
F: type III secretion protein
G: type III secretion protein
H: type III secretion protein

C: type III secretion protein
D: type III secretion protein
E: type III secretion protein
F: type III secretion protein
G: type III secretion protein
H: type III secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,87016
ポリマ－121,87016
非ポリマー00
水28816
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_754-x+2,-y,z-11
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area30780 Å2
ΔGint-277 kcal/mol
Surface area49870 Å2
手法PISA
6
A: type III secretion protein
B: type III secretion protein
C: type III secretion protein
D: type III secretion protein

A: type III secretion protein
B: type III secretion protein
C: type III secretion protein
D: type III secretion protein

E: type III secretion protein
F: type III secretion protein
G: type III secretion protein
H: type III secretion protein

E: type III secretion protein
F: type III secretion protein
G: type III secretion protein
H: type III secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,87016
ポリマ－121,87016
非ポリマー00
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation2_756-x+2,-y,z+11
Buried area28990 Å2
ΔGint-270 kcal/mol
Surface area51650 Å2
手法PISA
7
G: type III secretion protein
H: type III secretion protein

E: type III secretion protein
F: type III secretion protein

A: type III secretion protein
B: type III secretion protein
C: type III secretion protein
D: type III secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9358
ポリマ－60,9358
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation3_647-x+3/2,y-1/2,-z+21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13880 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area26450 Å2
手法PISA
8
A: type III secretion protein
B: type III secretion protein

E: type III secretion protein
F: type III secretion protein

C: type III secretion protein
D: type III secretion protein
G: type III secretion protein
H: type III secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9358
ポリマ－60,9358
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation3_645-x+3/2,y-1/2,-z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13650 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area26670 Å2
手法PISA
9
G: type III secretion protein
H: type III secretion protein

E: type III secretion protein
F: type III secretion protein

A: type III secretion protein
B: type III secretion protein
C: type III secretion protein
D: type III secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9358
ポリマ－60,9358
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation3_646-x+3/2,y-1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12800 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area27520 Å2
手法PISA
10
G: type III secretion protein
H: type III secretion protein

A: type III secretion protein
B: type III secretion protein
C: type III secretion protein
D: type III secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7016
ポリマ－45,7016
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9180 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area21440 Å2
手法PISA
11
A: type III secretion protein
B: type III secretion protein

C: type III secretion protein
D: type III secretion protein
G: type III secretion protein
H: type III secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7016
ポリマ－45,7016
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10030 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area20590 Å2
手法PISA
12
A: type III secretion protein
B: type III secretion protein

G: type III secretion protein
H: type III secretion protein

E: type III secretion protein
F: type III secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7016
ポリマ－45,7016
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation3_647-x+3/2,y-1/2,-z+21
Buried area9290 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area21280 Å2
手法PISA
13
A: type III secretion protein
B: type III secretion protein

G: type III secretion protein
H: type III secretion protein

E: type III secretion protein
F: type III secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7016
ポリマ－45,7016
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation3_646-x+3/2,y-1/2,-z+11
Buried area9100 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area21460 Å2
手法PISA
14
A: type III secretion protein
B: type III secretion protein

G: type III secretion protein
H: type III secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4674
ポリマ－30,4674
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area5490 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area15380 Å2
手法PISA
15
E: type III secretion protein
F: type III secretion protein

C: type III secretion protein
D: type III secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4674
ポリマ－30,4674
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_657-x+3/2,y+1/2,-z+21
Buried area5300 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area14150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.969, 84.622, 81.799
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-81-

HOH

21E-102-

HOH

31E-141-

HOH

詳細The biological assembly is a putative tetramer. The selected putative tetramer comes from two asymmetric units.

-
要素

#1: タンパク質
type III secretion protein


分子量: 7616.855 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / プラスミド: pBA1493 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: Q7ARI1, UniProt: O68692*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 3350, sodium acetate, glycerol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月12日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 54088 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3.3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 28.581 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 5329 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.8→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 6.333 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25912 2740 5.1 %RANDOM
Rwork0.22545 ---
obs0.22715 51152 99.77 %-
all-54088 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.284 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.19 Å20 Å20 Å2
2--0.93 Å20 Å2
3----2.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3770 0 0 334 4104
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0223798
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023641
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.991.9695096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.02938504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2755467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.68526.226159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.80515796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4851515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02623
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.21113
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.23787
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.21921
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.10.22242
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.250.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0850.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.250.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2580.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2570.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0131.53114
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4581.5990
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0623816
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.64131562
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3614.51280
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 210 -
Rwork0.268 3708 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 61.9939 Å / Origin y: 4.5164 Å / Origin z: 60.4374 Å
111213212223313233
T-0.1562 Å20.0012 Å20.0086 Å2--0.1461 Å20.0139 Å2---0.0781 Å2
L0.5033 °2-0.1091 °20.1894 °2-0.348 °2-0.1663 °2--2.2522 °2
S0.0036 Å °-0.2071 Å °-0.0128 Å °-0.037 Å °0.0486 Å °0.0338 Å °-0.0927 Å °-0.1243 Å °-0.0522 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 651 - 65
2X-RAY DIFFRACTION1BB1 - 661 - 66
3X-RAY DIFFRACTION1CC1 - 581 - 58
4X-RAY DIFFRACTION1DD1 - 661 - 66
5X-RAY DIFFRACTION1EE1 - 651 - 65
6X-RAY DIFFRACTION1FF1 - 661 - 66
7X-RAY DIFFRACTION1GG2 - 652 - 65
8X-RAY DIFFRACTION1HH1 - 661 - 66

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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