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万見
- PDB-1zv1: Crystal structure of the dimerization domain of doublesex protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zv1
タイトルCrystal structure of the dimerization domain of doublesex protein from D. melanogaster
要素Doublesex protein
キーワードPROTEIN BINDING / doublesex / uba domain / dimerization / sex determination / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


imaginal disc-derived male genitalia development / male analia development / female analia development / female sex differentiation / sex-specific pigmentation / female somatic sex determination / imaginal disc-derived female genitalia development / sex comb development / negative regulation of developmental pigmentation / somatic sex determination ...imaginal disc-derived male genitalia development / male analia development / female analia development / female sex differentiation / sex-specific pigmentation / female somatic sex determination / imaginal disc-derived female genitalia development / sex comb development / negative regulation of developmental pigmentation / somatic sex determination / genital disc development / male sex differentiation / courtship behavior / male courtship behavior, veined wing generated song production / sex determination / male courtship behavior / sex differentiation / axon midline choice point recognition / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Doublesex dimerisation / Doublesex dimerisation domain / Doublesex dimerisation domain / DM DNA-binding domain / DMRT family / DM DNA-binding domain superfamily / DM DNA binding domain / DM DNA-binding domain signature. / DM DNA-binding domain profile. / Doublesex DNA-binding motif ...Doublesex dimerisation / Doublesex dimerisation domain / Doublesex dimerisation domain / DM DNA-binding domain / DMRT family / DM DNA-binding domain superfamily / DM DNA binding domain / DM DNA-binding domain signature. / DM DNA-binding domain profile. / Doublesex DNA-binding motif / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Weiss, M.A. / Bayrer, J.R. / Wan, Z. / Li, B. / Phillips, N.B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Dimerization of doublesex is mediated by a cryptic ubiquitin-associated domain fold: implications for sex-specific gene regulation
著者: Bayrer, J.R. / Zhang, W. / Weiss, M.A.
履歴
登録2005年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Doublesex protein
B: Doublesex protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4912
ポリマ－15,4912
非ポリマー00
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area6780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.773, 46.623, 59.771
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer found entirely in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Doublesex protein


分子量: 7745.735 Da / 分子数: 2 / 断片: DIMERIZATION DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: dsx / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23023
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.787 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: ammonium sulfate, isopropanol, tris, sodium chloride , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X9B10.97880.9788
シンクロトロンAPS 14-BM-C20.90.9
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2003年4月11日
ADSC QUANTUM 42CCD2002年11月26日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97881
20.91
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 15159 / Num. obs: 15159 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 62.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 11 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXS位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→10.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 1.707 / SU ML: 0.063 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.118
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25722 752 5 %RANDOM
Rwork0.2085 ---
obs0.21084 14294 99.21 %-
all-14844 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.969 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数994 0 0 126 1120
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221015
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.971372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.885116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.6132558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67215181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.551156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.240.2568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.2707
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.290.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3191.5608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.192945
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7753479
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.984.5427
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 44 -
Rwork0.242 1003 -
obs--96.85 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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